Η έκφραση φυλακισμένος του Βατικανού (ιταλικά: prigioniero del Vaticano, λατινικά: captivus Vaticani) ήταν ο προσδιορισμός της κατάστασης που βρέθηκε o Πάπας Πίος Θ’ στις 20 Σεπτεμβρίου 1870, όταν το παπικό έδαφος της Ρώμης κατελήφθη από τις ένοπλες δυνάμεις του νεαρού Ιταλικού Βασιλείου.
Ο εθνικός Ιταλικός στρατός εισέβαλε στις εργασίες της Πρώτης Βατικάνιας Συνόδου (αυτής που είχε υιοθετήσει το παπικό αλάθητο) και κατέστησε τον Πάπα «φυλακισμένο του Βατικανού». Η Ρώμη ανακηρύχθηκε πρωτεύουσα της Ιταλίας και ο Πάπας έγινε πολίτης του Ιταλικού κράτους, υπήκοος του Ιταλού μονάρχη Βίκτορα Εμμανουήλ Β΄.
Για τα επόμενα 50 περίπου χρόνια οι εκάστοτε Πάπες είχαν αυτοπεριοριστεί εντός των τειχών του Βατικανού, σχεδιάζοντας τη φυγή τους από τη Ρώμη. Ταυτόχρονα μηχανορραφούσαν για την ανάσχεση της διαδικασίας εθνικής ολοκλήρωσης της Ιταλίας, την υπονόμευση του νεαρού Ιταλικού Βασιλείου και υπέρ της ανασύστασης της παπικής εξουσίας στη Ρώμη και τα υπόλοιπα Παπικά Κράτη (εδάφη) στην Ιταλική χερσόνησο.
Μια βδομάδα μετά την είσοδό τους στη Ρώμη, τα ιταλικά εθνικά στρατεύματα κατέλαβαν ολόκληρη την πόλη, εκτός από το Αποστολικό Παλάτι, δηλαδή την παπική κατοικία. Οι κάτοικοι της πόλης ψήφισαν τότε την ένταξη στην Ιταλία.
Το ζήτημα της σύγκρουσης μεταξύ του Βατικανού και της Ιταλίας επιλύθηκε το 1929 με τη Συνθήκη του Λατερανού, μεταξύ του Πάπα Πίου ΙΑ΄ και του Μπενίτο Μουσολίνι (για λογαριασμό του Ιταλικού κράτους).