Σημαντικό ρόλο στην απομάκρυνση της πειρατείας από το Αιγαίο έπαιξε ένας άνθρωπος, ο οποίος στην νεαρή του ηλικία είχε αναπτύξει πειρατική δράση. Ήταν ο ναύαρχος Ανδρέας Μιαούλης, ο οποίος, μετά την τεράστια προσφορά του στον αγώνα στράφηκε στην πολιτική.
Ο Καποδίστριας ήξερε ότι ήταν το κατάλληλο πρόσωπο για να πατάξει την πειρατεία στις ελληνικές θάλασσες. Αλλά και ο Μιαούλης κατάλαβε γρήγορα ότι η Ελλάδα πρέπει να γίνει ένα σύγχρονο ευρωπαϊκό κράτος. Ως ναύαρχος πλέον του νεοσύστατου κράτους ανέλαβε να αποκαταστήσει την τάξη στο Αιγαίο.
Η ναυτιλία ήταν μία από τις πολύ βασικές και προσοδοφόρες δραστηριότητες των Ελλήνων στο Ιόνιο και το Αιγαίο. Γι΄αυτό, από τους πρώτους νόμους που έφτιαξε ο Ιωάννης Καποδίστριας αφορούσαν το ναυτικό δίκαιο και την πάταξη της πειρατείας. Το βασικό κριτήριο της επιλογής του Μιαούλη, ήταν ότι γνώριζε την πειρατική δράση και την ψυχοσύνθεση των πειρατών.
Στις 23 Ιανουαρίου 1828, ο κυβερνήτης έδωσε τη διαταγή στον ναύαρχο Μιαούλη και τον πλοίαρχο Κριεζή να αποκαταστήσουν την τάξη στο Αιγαίο. Η εκκαθάριση ξεκίνησε από τις Βόρειες Σποράδες. Ο Μιαούλης έκανε την αρχή από την Σκόπελο, όπου πυρπόλησε περίπου 27 πλοιάρια, τα οποία ήταν αποδεδειγμένα πειρατικά. Συνέχισε στη Σκιάθο, όπου αντιλήφθηκε αμέσως τους πειρατές που προσπάθησαν να κρύψουν τα πλοία τους στη στεριά.
Ήταν πολύ έμπειρος και γνώστης για να τον ξεγελάσουν με τα κόλπα που έκανε στα νιάτα του. Η αποφασιστικότητα του είχε ως αποτέλεσμα να κατασχέσει συνολικά περίπου 70 πλοία. Τα οδήγησε στον ναύσταθμο στον Πόρο και χρησιμοποιήθηκαν για την ενίσχυση του ελληνικού στόλου. Όσους από τους πειρατές συνέλαβε, τους οδήγησε στην Αίγινα για να δικαστούν.
Η δολοφονία του Καποδίστρια, κύκνειο άσμα της πειρατείας
Η αποφασιστικότητα του Ιωάννη Καποδίστρια και ο καθοριστικός ρόλος του Ανδρέα Μιαούλη, συντέλεσαν στην εξάλειψη της πειρατείας. Σύμφωνα με αρκετούς ιστορικούς, η πάταξη της πειρατείας είναι ένα από τα αίτια της δολοφονίας του πρώτου Έλληνα κυβερνήτη.
Ο Καποδίστριας ήρθε αντιμέτωπος με πολλά παγιωμένα οικονομικά συμφέροντα. Δεν δίστασε να στείλει στην δικαιοσύνη τους Μαυρομιχάληδες, ήρωες πλέον της ανεξαρτησίας, γιατί είχαν χτυπήσει με τον πειρατικό τους στόλο τον Γάλλο έμπορο Λουδοβίκο Γαβούτ. Το δικαστήριο, τους δίκασε και επέβαλε πρόστιμο πενήντα χιλιάδες φράγκα! Ήταν και αυτός ένας από τους λόγους που η ισχυρή οικογένεια από τη Μάνη επιθυμούσε εκδίκηση.
Ο Κωνσταντίνος και ο Γιώργος Μαυρομιχάλης τον δολοφόνησαν στο Ναύπλιο στις 27 Σεπτεμβρίου 1831. Οι δολοφόνοι τιμωρήθηκαν, αλλά η δολοφονία του Καποδίστρια αποτέλεσε ουσιαστικά το κύκνειο άσμα της πειρατείας.