Στην Κάτω Αίγυπτο (βόρεια Αίγυπτο), ο γιος του Νεχώ, Ψαμμήτιχος Α’ (664-610 π.Χ), επωφελούμενος των προβλημάτων που αντιμετώπιζαν οι Ασσύριοι στην χώρα τους, θα ανακηρυχθεί Φαραώ και θα επιτύχει σύντομα να ενοποιήσει την διασπασμένη επί αιώνες χώρα, ιδρύοντας την ιθαγενή 26η Δυναστεία (664-525 π.Χ) της Αιγύπτου, την λεγόμενη Σαϊτική.
Μεταξύ των ετών 664 και 657, ο Ψαμμήτιχος Α’ θα υποτάξει όλους τους τοπικούς ηγεμόνες στην Κάτω Αίγυπτο και θα τοποθετήσει την κόρη του στην θέση της Μεγάλης Ιέρειας στις Θήβες (πρωτεύουσα της χώρας κατά την «χρυσή» περίοδο του Νέου Βασιλείου, όπου βρισκόταν το ιερό του Άμμωνα).
Οι εκστρατείες του Ψαμμήτιχου Α’ για την ενοποίηση της χώρας ήταν αξιοσημείωτες και από μια άλλη αιτία, καθώς υπήρξε ο πρώτος Φαραώ που προσέλαβε Έλληνες (Ίωνες) και Κάρες μισθοφόρους. Αυτή η πράξη του Ψαμμήτιχου Α’ θα γίνει κανόνας για τα επόμενα 300 χρόνια και πολλοί από τους μισθοφόρους θα εγκατασταθούν με τις οικογένειές τους στην Αίγυπτο. Με αυτόν τον τρόπο θα δημιουργηθεί μία ελληνική παροικία στην χώρα, η οποία θα διαδραματίσει δυσανάλογο για το μέγεθός της ρόλο στην ιστορία της Αιγύπτου, λόγω της ειδίκευσής της στο εμπόριο και στην πολεμική τέχνη. Οι πρώτες αυτές κοινότητες ήταν μικρές αρχικά, αλλά αργότερα εξελίχθηκαν σε μεγαλύτερες πόλεις.
Κάτοικοί τους ήταν Έλληνες μισθοφόροι στρατιώτες, που δεν είχαν σταλεί όμως από κάποια πόλη για να τις ιδρύσουν. Οι Δάφνες, που έχουν ταυτιστεί με το Tel Defenneh, είναι μία από τις πιο διάσημες κοινότητες μισθοφόρων στην Αίγυπτο. Η Μέμφις επίσης αναφέρεται από τον Ηρόδοτο ως περιοχή όπου μεταφέρθηκαν Έλληνες και Κάρες μισθοφόροι, στην περίοδο ανάμεσα στο 570 και 526 π.Χ (Ηροδότος, Ιστορίαι 2.154). Αλλά και στην περιοχή της Ελεφαντίνης (στο σημερινό Σουδάν), όπου ήταν πιθανή η παρουσία Ελλήνων, εικάζεται πως υπήρχαν τέτοιες κοινότητες.
Μετά από τις αποτυχίες του Φαραώ Απρίη (589-570 π.Χ), αρχικά έναντι της νεο-βαβυλωνιακής αυτοκρατορίας στην Συροπαλαιστίνη και κατόπιν έναντι των Ελλήνων της Κυρήνης στην Λιβύη, ο Αιγύπτιος στρατηγός Άμασις θα στασιάσει το 570 π.Χ, θα ανακηρυχθεί Φαραώ και θα εξαναγκάσει τον Απρίη να καταφύγει εξόριστος στην Βαβυλώνα. Το 567 π.Χ ο Απρίης θα επανέλθει με ένα βαβυλωνιακό στρατό εισβολής που του παραχώρησε ο Βαβυλώνιος βασιλιάς Ναβουχοδονόσωρ Β’ (Νabuchadrezzar, 604-562 π.Χ), όμως οι Βαβυλώνιοι τελικά θα ηττηθούν από τους Έλληνες μισθοφόρους του Άμασι και ο Απρίης θα σκοτωθεί.
Ο Φαραώ Άμασις (570-526 π.Χ), θέλοντας να λύσει το πρόβλημα της αμοιβής με γαίες των Ελλήνων μισθοφόρων του, αλλά και να ανοίξει μια νέα οδό εμπορίου με την Μεσόγειο μετά την οριστική απώλεια της Συρίας και της Φοινίκης, παραχώρησε ιδιαίτερα προνόμια στην ελληνική παροικία που είχε κέντρο την πόλη του δυτικού Δέλτα Ναύκρατι, στα νοτιοδυτικά της πρωτεύουσας Σάιδος. Η πόλη βρισκόταν κοντά στον κανωπικό βραχίονα του Νείλου, με τον οποίο συνδεόταν με διώρυγα. Ιδρύθηκε περίπου στα μέσα του 7ου αι. από εμπόρους της Μιλήτου και άλλων ελληνικών πόλεων, στους οποίους ο φαραώ Ψαμμήτιχος Α΄ επέτρεψε να εγκατασταθούν και να δημιουργήσουν εμπορικό σταθμό. Εγκαταστάθηκαν εκεί Έλληνες που προέρχονταν κυρίως από πόλεις της Μ. Ασίας και ήταν οργανωμένοι γύρω από το κοινό Ελληνικό ιερό Ελλήνιο. Το Ελληνιο είχε ιδρυθεί από κοινού από τη Χίο, την Τέω, τη Φώκαια, τις Κλαζομενές, τη Ρόδο, την Κνίδο, την Αλικαρνασσό, τη Φάσηλι και τη Λέσβο. Συνολικά 12 πόλεις μοιράζονταν το ιερό, ενώ υπήρχαν παράλληλα και τα ιερά των Μιλησίων, των Σαμιωτών και των Αιγινιτών.
Για τα επόμενα χίλια χρόνια, το λιμάνι αυτό έσφυζε από ζωή και συγκέντρωνε τον πλούτο όχι μονάχα της περιοχής, αλλά και ολόκληρης της ανατολικής Μεσογείου. Ο πληθυσμός της πόλης στην ακμή της υπολογίζεται σε 16.000 ψυχές, αν και, καθώς η Ναύκρατις ήταν κέντρο διέλευσης ταξιδιωτών, εμπόρων και προσκυνητών, αναλόγως της χρονικής συγκυρίας ήταν πολλαπλάσιος Την εποχή του Άμασι ήταν ο μόνος επιτρεπτός εμπορικός κόμβος εισαγωγής προϊόντων με προέλευση το Αιγαίο. Για την αίγλη της τον 6ο αιώνα π.Χ. έχει γράψει και ο Ηρόδοτος.
Η περσική εισβολή του 525 π.Χ στην Αίγυπτο κατέστρεψε (πιθανότατα εσκεμμένα) τον πλούτο της χώρας, ενώ είχε ως παρενέργεια την επαναφορά της διαμετακομιστικής εμπορικής κίνησης πίσω στην Φοινίκη, οδηγώντας την Ναύκρατι και το ελληνικό εμπόριο στην Αίγυπτο σε παρακμή. Αυτό το γεγονός, σε συνδυασμό και με άλλους παραγόντες, ενδεχομένως να αποτέλεσε βασικό λόγο για την μήνι των ιωνικών πόλεων κατά των Περσών, που οδήγησε στην επανάσταση του 499 π.Χ. Παρολα αυτά η Ναύκρατις παρέμεινε το κύριο εμπορικό λιμάνι στο δυτικό Δέλτα του Νείλου μέχρι την ίδρυση της Αλεξάνδρειας, ενώ συνέχισε να είναι σημαντική και κατά την διάρκεια της ελληνιστικής και της ρωμαϊκής περιόδου.