Οι αρχαιολογικές έρευνες στην πόλη των Χανίων αποδεικνύουν ότι είναι χτισμένη πάνω στα ερείπια της Κυδωνίας, μιας αξιόλογης αρχαίας πόλης. Η πόλη χτίστηκε κατά τους προϊστορικούς χρόνους από τον Κύδωνα, γιο – σύμφωνα με τους αρχαίους Κρήτες – του Ερμή – κατ’ άλλους του Απόλλωνα – και της νύμφης Ακακαλίδας, κόρης του Μίνωα.
Η Κυδωνία αναφέρεται από τον Όμηρο ως μια από τις σπουδαιότερες πόλεις της Κρήτης, ενώ οι Κύδωνες θεωρούνται ως προελληνικό φύλο. Οι αρχαίοι συγγραφείς θεωρούν την Κυδωνία “μητέρα των άλλων κρητικών πόλεων”.
Πολλές είναι οι εκδοχές όσον αφορά στην ετυμολογία του τοπωνυμίου της πόλης. Πιθανόν από παραφθορά του ονόματος Χθονία, που ήταν ένα από τα αρχαία ονόματα της Κρήτης, να προέρχονται τα Χανιά. Σύμφωνα με άλλη εκδοχή προέρχεται από το Αραβικό Χάνι ή τέλος από την αλχανία κώμη (προάστιο ή συνοικία της Κυδωνίας).
Στη θέση της σύγχρονης πόλης των Χανίων ήταν ιδρυμένη και η Κυδωνία των ιστορικών χρόνων, παρόλο που τα λείψανα του ίδιου του οικισμού στο λόφο Καστέλι και στο κέντρο της σημερινής πόλης έχουν στο μεγαλύτερο μέρος τους εξαφανιστεί από την αλλεπάλληλη οικοδόμηση. Η ίδρυση της κλασικής Κυδωνίας αποδίδεται σε Σάμιους αποίκους, οι οποίοι εγκατέλειψαν το νησί τους το 524 π.Χ., όταν ο Πολυκράτης έγινε τύραννος εκεί. Μετά από πέντε χρόνια οι Σάμιοι της Κυδωνίας υποτάχθηκαν στους Αιγινήτες που έτρεξαν σε βοήθεια των ντόπιων.
Η επικράτεια της πόλης εκτεινόταν έως το ακρωτήριο Σπάθα στα δυτικά, το Μελέχα στα ανατολικά και τους πρόποδες των Λευκών Ορέων και την Απτέρα στα νότια. Το 429 π.Χ. η πόλη λεηλατήθηκε από τους γείτονες της Πολιχνίτες με τη σύμπραξη των Αθηναίων (Θουκυδίδης ΙΙ, 85). Το 74 π.Χ. οι κάτοικοι αντιστάθηκαν με επιτυχία στην πολιορκία των Ρωμαίων υπό το Μάρκο Αντώνιο.
Τελικά, η πόλη λεηλατήθηκε από τον Κόιντο Καικίλιο Μέτελλο το 69 π.Χ., μετά από αντίσταση των στρατηγών Λασθένη και Πανάρη. Στη διάρκεια της Ρωμαϊκής εποχής αναπτύχθηκε σε ένα από τα σημαντικά κέντρα της Κρήτης, που άκμασε μέχρι την ύστερη αρχαιότητα.
Πηγή: ΥΠΠΟ, culture.gov.gr Ministry of Culture, culture.gov.gr ,https://www.facebook.com/gorgias.epicurean