Η ναυμαχία της Σαλαμίνας είναι ίσως η πιο καθοριστική μάχη των περσικών πολέμων γιατί οι Έλληνες απέτρεψαν την κατάληψη του ελλαδικού χώρου από τις στρατιές του Ξέρξη, που είχαν περάσει από τις Θερμοπύλες και είχαν κάνει στάχτη την Αθήνα.
Oι ιστορικοί εκτιμούν ότι σε περίπτωση ήττας, οι ορδές της ανατολής θα ξεχύνονταν στην Πελοπόννησο και θα έσβηναν την Ελλάδα από τον χάρτη, πιθανότατα και από την ιστορία. Ο δρόμος για την υπόλοιπη Ευρώπη θα άνοιγε διάπλατα στους Πέρσες.
Μετά τις Θερμοπύλες και τη ναυμαχία στο Αρτεμίσιο, ο ελληνικός στόλος επέστρεψε στις ακτές της Αττικής και η Κεντρική Ελλάδα έμεινε στο έλεος του Ξέρξη.
Κορυφαία προσωπικότητα σε αυτή την ιστορική συγκυρία ήταν ο Θεμιστοκλής, ο επικεφαλής της κραταιάς ναυτικής δύναμης των Αθηναίων, που είχαν πάρει χρησμό από το Μαντείο των Δελφών ότι θα τους έσωζαν τα ξύλινα τείχη, δηλαδή τα πλοία τους. Ο Θεμιστοκλής, με πολύ κόπο και διορατικότητα, κατάφερε να πείσει τους Αθηναίους να εγκαταλείψουν τις εστίες τους υπό την προστασία του στόλου, ο οποίος θα αγκυροβολούσε στη Σαλαμίνα. Οι Αθηναίοι είδαν την πόλη τους να καίγεται και ο στόλος τους κατευθύνθηκε σε τρία σημεία. Στη Σαλαμίνα, ένα μικρό τμήμα από αιγινίτικα πλοία στην Αίγινα για να προστατεύει το νησί και το τρίτο σημείο ήταν ο Πόρος. Το στρατηγείο του Ξέρξη στήθηκε στο Φάληρο και οι Πέρσες σκόπευαν να κατακτήσουν τη Σαλαμίνα, ώστε να αποκτήσουν άμεση πρόσβαση στον Ισθμό και στην υπόλοιπη Ελλάδα.
Τη στρατηγική θέση της Σαλαμίνας γνώριζε φυσικά ο Θεμιστοκλής, ο οποίος με δυσκολία και τεράστια επιμονή, έπεισε τον Κορίνθιο στρατηγό Αδείμαντο και τον Σπαρτιάτη Ναύαρχο Ευρυβιάδη, ότι το νησί αποτελεί το κατάλληλο μέρος για να γίνει η βάση του ελληνικού στόλου, σε αντίθεση με τον Ισθμό. Η αντιπαράθεση των Ελλήνων στρατηγών έχει μείνει στην ιστορία από την περίφημη φράση που είπε ο Θεμιστοκλής στον Ευριβιάδη: «πάταξον μεν, άκουσον δε». Ο Ευρυβιάδης απείλησε να τον χτυπήσει με τη μαγκούρα του, όταν αντιμίλησε στον Αδείμαντο.
Η ψύχραιμη απάντηση του Θεμιστοκλή καταλάγιασε τον θυμό του Σπαρτιάτη. Ο Αδείμαντος όμως συνέχισε αποκαλώντας τον Θεμιστοκλή, «άπατρι», επειδή ο Ξέρξης είχε κάψει την Αθήνα. Ο Θεμιστοκλής όμως δεν ήταν εύκολος αντίπαλος και ετοιμόλογος όπως ήταν, του απάντησε ότι οι Αθηναίοι έχουν πατρίδα τους τις 200 τριήρεις. Το πιο σύγχρονο ναυτικό όπλο της εποχής. Μάλιστα, είπε στον Σπαρτιάτη ότι αν δεν συμφωνήσουν, τότε οι Αθηναίοι θα φύγουν με τα πλοία τους για να ιδρύσουν νέα πόλη στην Κάτω Ιταλία. Ο Ευρυβιάδης υποχώρησε.
Η Ναυμαχία
Τη νύχτα ο περσικός στόλος απέπλευσε και κατέλαβε την Ψυτάλλεια, ένα νησάκι απέναντι από τη Σαλαμίνα, ώστε σε περίπτωση ναυμαχίας, να προστατεύσει τους Μήδους ναυαγούς και να εξοντώσει τους αντιπάλους. Ο Αριστείδης που είχε ταξιδέψει επίσης νύχτα από την Αίγινα, πληροφόρησε τους Έλληνες για τις κινήσεις των Περσών, οι οποίοι σύμφωνα με τον Αισχύλο, άκουσαν ξαφνικά με την ανατολή του ηλίου, τον Παιάνα να αντηχεί από όλα τα ελληνικά πλοία:
«Ω, παίδες Ελλήνων, ίτε Ελευθερούτε πατρίδ’ ελευθερούτε δε παίδας, γυναίκας, θεών τε πατρώων έδη, θήκας τε προγόνων, νύν υπέρ παντών αγών».
Σύμφωνα με τον Ηρόδοτο, ο ελληνικός στόλος υπολογίζεται σε 366 τριήρεις. Οι Αθηναίοι είχαν 200, οι Κορίνθιοι 40, οι Αιγινήτες 30, οι Μεγαρείς 20, οι Λακεδαιμόνιοι 16, οι Σικυώνοι 15, οι Επιδαύριοι 10, οι Αμβρακιώτες 7, οι Ερετριείς 7, οι Τροιζήνιοι 5, οι Νάξιοι 4, οι Ερμίονες 3, οι Λευκάδιοι 3, οι Κείοι 2, οι Στυρείς 2, οι Κυθνίοι 1 και οι Κροτωνιάτες επίσης 1. Απέναντί τους, οι Πέρσες παρέταξαν 670 πλοία, από τα 1.207 που είχαν στην αρχή της εκστρατείας κατά της Ελλάδας, καθώς είχαν υποστεί απώλειες.
Η ναυμαχία ξεκίνησε στις 22 Σεπτεμβρίου του 480 π.Χ, λίγο μετά τις 8 το πρωί.
Στη δεξιά πλευρά ο Ευρυβιάδης ήταν επικεφαλής των πλοίων της Σπάρτης, της Κορίνθου, της Αίγινας και των Μεγάρων. Οι τριήρεις των υπόλοιπων ελληνικών πόλεων κάλυπταν το μέσον, ενώ στην αριστερή πλευρά έπλευσαν οι 200 αθηναϊκές τριήρεις υπό την αρχηγία του Θεμιστοκλή. Η πλεύση τους όμως ήταν αργή προκειμένου να μη βρεθούν στα ανοιχτά και πέσουν επάνω στους Πέρσες σε πλατιά θαλάσσια περιοχή, που θα τους επέτρεπε να χρησιμοποιήσουν όλα τους τα πλοία. Έτσι, το σύνολο του ελληνικού στόλου αναπτύχθηκε σε μήκος τριών χιλιομέτρων κατά μήκος των οποίων υπήρχε το στήριγμα των Αθηναίων οπλιτών από την Κυνόσουρα από τα δεξιά μέχρι το νησάκι του Αγίου Γεωργίου στα αριστερά. Η κάλυψη από τη στεριά απέτρεπε και τον κίνδυνο κυκλώσεως. Στην αρχή της ναυμαχίας η σύγκρουση ήταν αδυσώπητη και στη δεξιά πλευρά, οι Ίωνες δυσκόλευαν τους Σπαρτιάτες και τους Αιγινήτες, ενώ οι Σάμιοι κυρίευσαν ελληνικές τριήρεις.
Η πλάστιγγα άρχισε να γέρνει υπέρ των Ελλήνων όταν οι Αθηναίοι ξεδίπλωσαν τις ναυτικές τους αρετές απέναντι στους Φοίνικες, οι οποίοι ναυμαχούσαν κυρίως με τους 30 τοξότες που διέθεταν σε κάθε πλοίο και έριχναν βέλη στα εχθρικά πληρώματα. Όμως, ο Θεμιστοκλής είχε υπολογίσει δύο καθοριστικές λεπτομέρειες. Η πρώτη ήταν το βαρύ σκαρί των φοινικικών πλοίων και η δεύτερη, ο άνεμος που έπνεε τέτοια εποχή στη θαλάσσια περιοχή της Σαλαμίνας. Τα φοινικικά πλοία πάλευαν με τα κύματα με συνέπεια να αστοχούν οι τοξότες.
Ταυτόχρονα, οι ελληνικές τριήρεις που έπλεαν με ευελιξία στον αφρό τα εμβόλιζαν, είτε στα πλευρά και τα βύθιζαν είτε στις σειρές από τα κουπιά και τα ακινητοποιούσαν. Όταν οι Αθηναίοι δεν πηδούσαν στα εχθρικά πλοία για να εξοντώσουν τους Πέρσες, άφηναν απλώς τα εχθρικά πλοία να βουλιάξουν. Σε λίγη ώρα η δεξιά πτέρυγα των Περσών άρχισε να υποχωρεί παρασύροντας το σύνολο της γραμμής, καθώς οι Αθηναίοι άρχισαν να βάλλουν προς το κέντρο και στη συνέχεια προς τα αριστερά. Ακολούθησε αναταραχή και πολλά περσικά πλοία συγκρούστηκαν μεταξύ τους και βυθίστηκαν, ενώ άλλα τράπηκαν σε φυγή και καταδιώχθηκαν από τους Έλληνες.
Ταυτόχρονα, ο Αριστείδης αποβιβάστηκε στην Ψυτάλλεια με Αθηναίους οπλίτες και εξόντωσε την περσική φρουρά. Ο Περσικός στόλος συνεθλίβη κυριολεκτικά στο στενό μεταξύ Κυνοσούρας και Κερατσινίου. Οι Πέρσες έχασαν 200 πλοία και οι Έλληνες 40, αλλά ο αριθμός των νεκρών Περσών είναι πολύ μεγάλος, καθώς όσοι έπεφταν στη θάλασσα δεν ήξεραν να κολυμπούν και πνίγονταν. Ο Πέρσης από το θρόνο που είχε στήσει σε μια πλαγιά στο Αιγάλεω, έβλεπε από την καλύτερη δυνατή θέση τη δυσάρεστη εξέλιξη της μάχης.
Η ήττα στη ναυμαχία της Σαλαμίνας προκάλεσε πανικό στο περσικό στρατόπεδο και παρά το γεγονός ότι στόλος τους παρέμενε μεγαλύτερος από τον ελληνικό, ο Ξέρξης έδωσε αμέσως διαταγή να αποπλεύσουν φοβούμενος μήπως οι Έλληνες πλεύσουν στον Ελλήσποντο και καταστρέψουν τις γέφυρες που είχε κατασκευάσει για να έχει πρόσβαση στην Ευρώπη. Στην Ευρώπη, που δεν θα υπήρχε με τη σημερινή μορφή και ίσως και με αυτό όνομα, αν οι Έλληνες δεν κέρδιζαν στη ναυμαχία της Σαλαμίνας.