Στις 9 Δεκεμβρίου 1868, έγινε η μάχη του Καλονύχτη ανάμεσα σε Κρητικούς επαναστάτες και τουρκικές δυνάμεις. Οι Τούρκοι ήταν πολύ περισσότεροι και οι Έλληνες αναγκάστηκαν να υποχωρήσουν στα Ρούστικα αφήνοντας πίσω τους τρεις νεκρούς.
Στις 9 Δεκεμβρίου 1868 Έλληνες επαναστάτες προστρέχοντες εις βοήθειαν του Πετροπουλάκη και ερχόμενοι από τα Ρούστικα σε σύντομο χρόνο, αρχικά απέκρουσαν ισχυρό Τουρκικό απόσπασμα ορμώμενο από το Ρέθυμνο στον Καλονύκτη. Κι ενώ τους είχαν πολιορκήσει, κατά τις 5 μ.μ. αναγκάστηκαν να υποχωρήσουν κατά τα Ρούστικα, καθώς έφθασαν υπέρτερες σε αριθμό εχθρικές ενισχύσεις.
Από την ελληνική πλευρά σκοτώθηκαν οι: οπλαρχηγός Αντώνιος Νικ. Τσουχλαράκης ή Τσούχλαρης από το Χωρδάκι Ακρωτηρίου και οι Γαυγιωτάκης ή Γαυδιωτάκης ή Γαβιοτάκης Κ. και Χατζηδάκης Γ., οι οποίοι ετάφησαν στα Ρούστικα. Τραυματίσθησαν οι Τσόντος και Τσιτσιρίδης.
Ο Καλονύκτης, βρίσκεται 15 χλμ. δυτικά του Ρεθύμνου και 1,5 χλμ. από τον Αγιασμάτσι, σ’ ένα λόφο με υψόμετρο 270 μ., μεταξύ τριών ποταμών (Βιτάλη, Νεραντζέ και Πετρέ).
Σύμφωνα με την παράδοση, το χωριό, αλλά και ο τέως Δήμος Νικηφόρου Φωκά, οφείλουν το όνομά τους στο πιο πάνω περιστατικό:
όταν τον Μάρτιο του 961 μ.Χ. ο Νικηφόρος Φωκάς άλωσε τον Χάντακα που κατείχαν οι Άραβες Σαρακηνοί, ολοκλήρωσε την απελευθέρωση της Κρήτης με την εκκαθάριση της ενδοχώρας. Μία νύχτα στρατοπέδευσε στον στρατηγικής σημασίας λόφο «Νικηφόρος» που πήρε απ’ αυτόν, το όνομά του. Τότε είχε καταλάβει μαζί με τον παρακείμενο λόφο «Ντάμπιες», ύστερα από μάχη. Όταν ξημέρωσε, κάποιος από τους επιτελείς του τον ρώτησε:
«Πώς περάσατε τη νύχτα σας, Στρατηγέ;» και αποκρίθηκε «Καλόν νύκτιον επέρασα!». Έτσι το χωριό ονομάστηκε «Καλονύκτη» και ο μετέπειτα Βυζαντινός αυτοκράτορας θεωρείται ο ιδρυτής του χωριού, όμως υπάρχει και η άποψη ότι το χωριό προϋπήρχε και είχε την ονομασία Λεβεντοχώρι.