Αχαιός δικαστικός και πολιτικός, που διετέλεσε δύο φορές πρόεδρος της Β’ εν Αθήναις Εθνοσυνέλευσης. Ο Ιωάννης Μεσσηνέζης γεννήθηκε στη Βοστίτσα (σημερινό Αίγιο) το 1822, στους κόλπους μιας εύπορης οικογένειας. Ο πατέρας του Λέων Μεσσηνέζης (1787-1851), με καταγωγή από τη Χίο, ήταν μεγαλέμπορος και αγωνιστής του ’21.
Μάλιστα, είχε λάβει μέρος στη μυστική συνέλευση της Βοστίτσας (26-30 Ιανουαρίου 1821) για την προετοιμασία της Εθνεγερσίας. Η μητέρα του, Μαρία Λόντου, ήταν κόρη του πρόκριτου της περιοχής Σωτηράκη Λόντου (1750-1812).
Αφού ολοκλήρωσε τις εγκύκλιες σπουδές του σε ελβετικό λύκειο, στη συνέχεια σπούδασε νομικά στο Παρίσι, όπου αναγορεύθηκε διδάκτωρ του Δικαίου. Επέστρεψε στην Ελλάδα στις 3 Σεπτεμβρίου 1843, την ημέρα της επανάστασης που είχε ως αποτέλεσμα την παραχώρηση Συντάγματος από τον Όθωνα. Συμμετείχε στις διαδηλώσεις και τραυματίστηκε.
Αρχικά άσκησε τη δικηγορία στην Πάτρα και στη συνέχεια εντάχθηκε στο δικαστικό σώμα. Υπηρέτησε στη Σύρο και την Αθήνα και εξελίχθηκε μέχρι τον βαθμό του εφέτη. Η συνεπής και ακέραιη στάση του κατά την άσκηση των καθηκόντων του τον έφερε σε σύγκρουση με διάφορους πολιτικούς παράγοντες της οθωνικής περιόδου. Έτσι, αποφάσισε να παραιτηθεί από το δικαστικό σώμα και να ασχοληθεί με την πολιτική.
Το 1861 εξελέγη για πρώτη φορά βουλευτής Αιγιαλείας και το 1862 πληρεξούσιος στη Β’ εν Αθήναις Εθνοσυνέλευση, της οποίας διετέλεσε πρόεδρος δύο φορές. Την πρώτη από τις 28 Οκτωβρίου 1863 έως τις 11 Απριλίου 1863 και τη δεύτερη από τις 13 Αυγούστου 1864 έως τις 16 Νοεμβρίου 1864. Νωρίτερα είχε αναλάβει την αντιπροεδρία της Εθνοσυνέλευσης (20 Μαΐου – 19 Ιουλίου 1863) επί προεδρίας Διομήδους Κυριακού.
Τον Ιούνιο του 1863, κατά τις οδομαχίες που ξέσπασαν στην Αθήνα ανάμεσα στις αντίπαλες πολιτικές παρατάξεις των «Ορεινών» και των «Πεδινών» (Ιουνιανά), τραυματίστηκε σοβαρά από σφαίρα έξω από την οικία Δημητρίου στην Πλατεία Συντάγματος (εκεί όπου σήμερα βρίσκεται το ξενοδοχείο «Μεγάλη Βρετανία»). Ήταν μέλος μιας επιτροπής, που προσπαθούσε να συμφιλιώσει τις δύο πολιτικές μερίδες, οι οποίες είχαν περάσει στο στάδιο της ένοπλης σύγκρουσης και είχαν μετατρέψει το κέντρο της Αθήνας σε πεδίο μάχης.
Η έναρξη της πρώτης προεδρίας του στην Εθνοσυνέλευση συνέπεσε με την άφιξη του νέου βασιλιά Γεωργίου Α’, ενώ κατά τη δεύτερη θητεία του συνέβαλε στην κατάρτιση του Συντάγματος του 1864 και ήταν αυτός που το υπέγραψε. Πολύ γρήγορα, όμως, υιοθέτησε κριτική στάση, επικρίνοντας τα προνόμια του Στέμματος. Ξεκίνησε συστηματική αρθρογραφία για την αναθεώρηση του Συντάγματος, με συνέπεια να περιπέσει σε δυσμένεια από το Παλάτι.
Από τις 20 Δεκεμβρίου 1867 έως τις 25 Ιανουαρίου 1868 διετέλεσε Υπουργός Εσωτερικών, Εκκλησιαστικών και Δημοσίας Παιδείας στην κυβέρνηση του Αριστείδη Μωραϊτίνη και κατόπιν πρόεδρος του «Συμβουλίου της Επικρατείας», ενός συμβουλευτικού οργάνου της Βουλής «προς παρασκευή και βάσανο των νομοσχεδίων». Μετά την κατάργησή του το 1865, ο Μεσσηνέζης επανήλθε στον πολιτικό στίβο και εκλεγόταν συνεχώς βουλευτής Αιγιαλείας από το 1872 έως το 1894. Πολιτευόταν ως ανεξάρτητος και δεν εντάχθηκε ποτέ σε καμία πολιτική παράταξη.
Ζούσε σε ένα άνετο και ευρύχωρο σπίτι, στην οδό Πανεπιστημίου (εκεί που βρίσκεται σήμερα το «Ιλίου Μέλαθρον»), το σαλόνι του οποίου η καλλιεργημένη σύζυγός του Μαρία Δούμα είχε μετατρέψει σε σημείο συνάντησης του πολιτικού και πνευματικού κόσμου της πρωτεύουσας. Το ζεύγος Μεσσηνέζη είχε αποκτήσει δύο παιδιά, τον Λέοντα Μεσσηνέζη (μετέπειτα νομάρχη) και τη Μαρία Σωτηριάδη.
Ο Ιωάννης Μεσσηνέζης πέθανε στην Πάτρα, στις 18 Φεβρουαρίου 1896.