Η Άλωση της Πόλης από τους Οθωμανούς Τούρκους (29 Μαΐου 1453), βρήκε την Αθήνα υπό την κυριαρχία των Φράγκων και φόρου υποτελή στον Σουλτάνο. Η άλλοτε κραταιά πόλη ήταν πρωτεύουσα του Δουκάτου των Αθηνών, με επικεφαλής των νεαρό Φλωρεντίνο Φράγκο Ατζαγιώλη (Francesco Acciaiuoli), τον οποίο επιτρόπευε η φιλόδοξη μητέρα του Κιάρα Τζώρτζη (Chiara Zorzi).
Η Τζώρτζη με σουλτανική έγκριση σφετερίστηκε την εξουσία έως το 1455, οπότε ο Μωάμεθ Β’ διέταξε την απομάκρυνσή της από την Αθήνα μαζί με τον βενετσιάνο σύζυγό της Βαρθολομαίο Κονταρίνη (Bartolomeo Contarini). Ο Φράγκος επανήλθε στην εξουσία, φυλάκισε τη μητέρα του στα Μέγαρα και αργότερα τη φόνευσε.
Η αποτρόπαια πράξη του έδωσε το πρόσχημα στον Μωάμεθ να καταλύσει το Δουκάτο των Αθηνών, που περιλάμβανε χοντρικά τη σημερινή Αττική. Ο Τουραχάνογλου Ομέρ Μπέης με διαταγή του Πορθητή κινήθηκε εναντίον της Αθήνας και στις 4 Ιουνίου του 1456 την κατέλαβε, εκτός από την Ακρόπολη, την οποία υπεράσπισε απεγνωσμένα ο νεαρός Ατζαγιώλης. Όμως, τον Ιούλιο του 1458 αναγκάστηκε να παραδοθεί και να καταφύγει στη Θήβα.
Οι κάτοικοι της Αθήνας, που είχαν δεινοπαθήσει επί δύο αιώνες από την πολιτική, οικονομική και θρησκευτική καταπίεση των Φράγκων, δέχθηκαν με ανακούφιση στην αρχή τον νέο δυνάστη, που υποσχόταν παροχή πολιτικών και εκκλησιαστικών προνομίων στον ελληνορθόδοξο πληθυσμό της πόλης.
Τον Αύγουστο του 1458, επιστρέφοντας από την Πελοπόννησο, ο Μωάμεθ επισκέφθηκε για τέσσερις μέρες την Αθήνα. Αρχικά παρέλαβε τα κλειδιά της πόλης από τον ηγούμενο της Μονής Καισαριανής και στη συνέχεια ο αρχαιολάτρης σουλτάνος, σύμφωνα με τον ιστορικό Κριτόβουλο, ανέβηκε στην Ακρόπολη, όπου θαύμασε τα αρχαία μνημεία και έδωσε εντολή να γίνει τζαμί.
Ο Μωάμεθ, επηρεασμένος από το παλαιό μεγαλείο της Αθήνας, φέρθηκε με ευμένεια προς τους κατοίκους της, τους παραχώρησε πολλά προνόμια κι έκανε δεκτά πολλά αιτήματά τους. Ένα από τα πρώτα μέτρα που έλαβε η οθωμανική διοίκηση ήταν η απομάκρυνση του λατίνου αρχιεπισκόπου Νικολάου Πρόθυμου και η προοδευτική εκδίωξη των φράγκικων οικογενειών της Αθήνας.
Με την άλωση της Ακρόπολης τον Ιούλιο του 1458, η Αθήνα πέρασε στη σκοτεινή εποχή της Τουρκοκρατίας. Απελευθερώθηκε στις 31 Μαΐου του 1833 και στις 18 Σεπτεμβρίου του 1834 ανακηρύχτηκε πρωτεύουσα της ελεύθερης Ελλάδας.