Γονείς του Πήγασου ήταν ο Ποσειδώνας και η Μέδουσα Γοργώ. Η θεά Αθηνά βοήθησε τον Περσέα να κόψει το κεφάλι της Μέδουσας για να το προσφέρει στον βασιλιά Πολυδέκτη.
* Στον πίνακα εικονίζεται η θεά Αθηνά με τον Πήγασο, το φτερωτό άλογο, που μετέφερε τους κεραυνούς του Δία.
Για να αποφύγει το θανατηφόρο βλέμμα της Μέδουσας, ο Περσέας κοίταξε την αντανάκλαση της στην ασπίδα της Αθηνάς και της έκοψε το κεφάλι με το σπαθί του. Τότε, ο Πήγασος ξεπήδησε από τον λαιμό της μητέρας του. Ο Περσέας τον ίππευσε και κατάφερε να φύγει από τη σπηλιά.
Οι Γοργόνες, οι τρομακτικές αδελφές της Μέδουσας, που είχαν μορφή τεράτων, ζωντανά φίδια στο κεφάλι τους και χρυσά φτερά στην πλάτη τους, κυνήγησαν τον Περσέα αλλά δεν κατάφεραν να τον πιάσουν.
Σύμφωνα με την κορινθιακή μυθολογία, ο Πήγασος πέταξε στην Ακροκόρινθο και ξεδίψασε στα νερά της Περήνης. Οι Κορίνθιοι χάραξαν τη μορφή του στα νομίσματα της πόλης και τον τιμούσαν ως θεό.
Μάλιστα, ο γιος του βασιλιά της Κορίνθου, Βελλεροφόντης, αποφάσισε να τον δαμάσει για να ολοκληρώσει τις αποστολές που του ανέθεσε ο βασιλιάς της Λυκίας, Ιοβάτης.
Μια από τις τρεις δοκιμασίες ήταν να αντιμετωπίσει τη Χίμαιρα, το τρικέφαλο τέρας που είχε κεφαλές λιονταριού και τράγου και ουρά που κατέληγε σε κεφαλή δράκοντα. Η θεά Αθηνά συμβούλευσε τον Βελλεροφόντη, να κάνει θυσία στον πατέρα του Πήγασου, Ποσειδώνα και να τον δαμάσει με το χρυσό χαλινάρι, που του πρόσφερε.
Ο Βελλεροφόντης ακολούθησε τις συμβουλές της και κατάφερε να τον αιχμαλωτίσει.
Με τη βοήθεια του, σκότωσε με το τόξο του τη Χίμαιρα και έγινε διάδοχος του βασιλείου της Λυκίας. Αλλά δεν ήταν ικανοποιημένος. Αποφάσισε να ιππεύσει ξανά τον Πήγασο για να ανέβει στον Όλυμπο και να βρει την κατοικία των θεών.
Ο Δίας θεώρησε την κίνησή του ασέβεια.
Έστειλε ένα έντομο να κεντρίσει τον Πήγασο, με αποτέλεσμα ο Βελλεροφόντης να πέσει από το άλογο και να χάσει το φως του. Ο Δίας πήρε τον Πήγασο στον Όλυμπο και τον έχρισε φύλακα και φορέα των συμβόλων του, του κεραυνού και της αστραπής. Μάλιστα, οι θεοί του Ολύμπου δημιούργησαν τον αστερισμό του «ιερού ίππου».
Στην αρχαιότητα η απεικόνιση σπουδαίων προσωπικοτήτων πάνω στον Πήγασο ήταν απόδειξη θεϊκής καταγωγής τους.
Ο μύθος του «φτερωτού ίππου» υιοθετήθηκε και από άλλους λαούς και αποτέλεσε πηγή έμπνευσης για ποιητές, ζωγράφους, μουσικούς και καλλιτέχνες, που αποτύπωσαν τη μορφή του στα έργα τους.