Μία από τις σπουδαιότερες πόλεις-κράτη της Κρήτης υπήρξε η Απτέρα τον 4ο αιώνα π.Χ…
Η στρατηγική της θέση στο πλάτωμα του λόφου Παλαιόκαστρο, που δεσπόζει νοτιοανατολικά του φυσικού λιμένος της Σούδας στα Χανιά σε συνδυασμό με τις εύφορες εκτάσεις γύρω της, ευνόησαν την ανάπτυξή της σε ισχυρό εμπορικό και πολιτικό κέντρο.
Αναφέρεται στις πινακίδες της Γραμμικής Β γραφής (14ος – 13ος αι. π.Χ.) και εξακολουθεί να κατοικείται μέχρι τον 7ο αι. μ.Χ., οπότε καταστρέφεται από ισχυρό σεισμό.
Η περίοδος της μεγαλύτερης ακμής της πόλης ήταν οι πρώιμοι ελληνιστικοί χρόνοι (τέλος 4ου – 3ος αι. π.Χ.), όταν ισχυροποιήθηκε οικονομικά και πολιτικά, και άρχισε να κόβει δικό της νόμισμα.
Οι πολυετείς ανασκαφικές έρευνες και οι εργασίες αποκατάστασης που υλοποιήθηκαν στο πλαίσιο ευρωπαϊκών και εθνικών προγραμμάτων ανέδειξαν την επιβλητική οχύρωση της πόλης, τις μνημειώδεις δεξαμενές και το αρχαίο της θέατρο. Επιπλέον, αποκαλύφθηκαν διπλό ιερό, λουτρικά συγκροτήματα και έπαυλη αστικού τύπου των ρωμαϊκών χρόνων.
Σε κεντρικό σημείο της αρχαίας πόλης ιδρύθηκε η Μονή του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου, που αναφέρεται σε Χρονικό του 1181. Ανήκε στη Μονή Πάτμου και λειτουργούσε μέχρι τα μέσα της δεκαετίας του 1960.
Σήμερα η Απτέρα προσελκύει ολοένα και περισσότερους επισκέπτες τους οποίους γοητεύει με τα διάσπαρτα μνημεία της, τις μυθολογικές τους συναρτήσεις, τη θέα που προσφέρει προς τους ορεινούς όγκους της Κρήτης, τον κόλπο της Σούδας και την ενδοχώρα του Αποκόρωνα. Αποτελεί, σε συνδυασμό με το Νέο Αρχαιολογικό Μουσείο Χανίων, έναν από τους βασικούς πυλώνες ανάπτυξης για τον πολιτιστικό τουρισμό στα Χανιά.
Η επίσκεψη στην Απτέρα εξοικειώνει τον σύγχρονο περιηγητή με τις διαδοχικές ιστορικές περιόδους της Κρήτης. Ο αρχαιολογικός χώρος εξακολουθεί και σήμερα να φέρνει στο φως νέα σημαντικά ευρήματα μέσα από την συνεχιζόμενη ανασκαφική δραστηριότητα ενώ αφήνει στον επισκέπτη μία προσωπική, ξεχωριστή εμπειρία, ωθώντας τον ελεύθερα και δημιουργικά να αναζητήσει αντίστοιχες, μέσα από την συνέχεια του ταξιδιού του στα υπόλοιπα μοναδικά μνημεία, τόπους και διαδρομές της Κρήτης.