Η Αγία Σοφία είναι το πρώτο κτίσμα που χτυπάει στα μάτια του επισκέπτη, καθώς εισέρχεται από την Προποντίδα.
Το ξεχωριστό αυτό σημείο είχαν επιλέξει για να χτίσουν τους ναούς τους, αιώνες πριν από τους Βυζαντινούς, οι ειδωλολάτρες.
Ο πρώτος ναός της Αγίας Σοφίας θεμελιώθηκε από τον Μεγάλο Κωνσταντίνο το 330 μ.Χ. όταν ονόμασε τη μετέπειτα Κωνσταντινούπολη πρωτεύουσα της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας. Η ανέγερση του ναού ολοκληρώθηκε από τον γιο του Κωνστάντιο και τα εγκαίνια έγιναν στις 15 Φεβρουαρίου του 360.
Κατά την εποχή του Αρκαδίου, το 404, η πρώτη Αγιά Σοφιά πυρπολείται και θα κτισθεί εκ νέου από τον Θεοδόσιο Β’. Τα εγκαίνια θα γίνουν στις 10 Οκτωβρίου του 415, όμως ο ναός θα πυρποληθεί και πάλι το 532, κατά τη Στάση του Νίκα. Έτσι, ο αυτοκράτορας Ιουστινιανός Α’ αποφασίζει να κατασκευάσει την εκκλησία από την αρχή, στον ίδιο χώρο, αλλά πολύ πιο επιβλητική, για να δεσπόζει στη Βασιλεύουσα. Τα θεμέλια αυτού του μεγαλοπρεπή ναού θα μπουν στις 23 Φεβρουαρίου του 532, με σχέδια που εκπόνησαν οι αρχιτέκτονες Ανθέμιος Τραλλιανός και Ισίδωρο ο Μιλήσιος.
Για την ολοκλήρωση του κολοσσιαίου έργου δούλεψαν αδιάκοπα επί έξι χρόνια 10.000 τεχνίτες, ενώ ξοδεύτηκαν 320.000 λίρες (περίπου 120.000.000 ευρώ). Από κάθε σημείο όπου υπήρχε Ελληνισμός, έγινε προσφορά: Τα πράσινα μάρμαρα από τη Μάνη και την Κάρυστο, τα τριανταφυλλιά από τη Φρυγία και τα κόκκινα από την Αίγυπτο. Από τον υπόλοιπο κόσμο προσφέρθηκαν τα πολύτιμα πετράδια, ο χρυσός, το ασήμι και το ελεφαντόδοντο, για τη διακόσμηση του εσωτερικού.
Τα εγκαίνια έγιναν στις 27 Δεκεμβρίου του 537 από τον Ιουστινιανό, ο οποίος βλέποντας την υπεροχή της Αγίας Σοφίας έναντι του ξακουστού ναού του Σολομώντα, αναφωνεί: «Δόξα των Θεώ το καταξιωσάντι με τελέσαι τοιούτον έργον. Νενίκηκά σε Σολομών».
Για χίλια και πλέον χρόνια (537-1453), η Αγία Σοφία θα αποτελέσει το κέντρο της ορθοδοξίας και του ελληνισμού. Εκεί, ο λαός θα γιορτάσει τους θριάμβους, θα θρηνήσει τις συμφορές και θα αποθεώσει τους νέους αυτοκράτορες.
Η τελευταία λειτουργία τελέστηκε στις 29 Μαΐου του 1453. Ο αυτοκράτορας Κωνσταντίνος Παλαιολόγος ΙΑ’ Δραγάτης, αφού προσευχήθηκε μαζί με το λαό και ζήτησε συγνώμη για λάθη που πιθανόν έκανε, έφυγε για τα τείχη, όπου έπεσε μαχόμενος. Μετά την άλωση της Κωνσταντινούπολης, η Αγία Σοφία έγινε τζαμί και με την επανάσταση του Κεμάλ Ατατούρκ μετατράπηκε σε μουσείο.