Τον Αύγουστο του 1821 το μήνυμα του ξεσπάσματος της Ελληνικής Επανάστασης στην Πελοπόννησο έφτασε στη Σαμοθράκη.
Αρκετοί Σαμοθρακίτες, μυημένοι στη Φιλική Εταιρεία, έπεισαν τους συντοπίτες τους να ακολουθήσουν, συγκεντρώνοντας τα λίγα όπλα που υπήρχαν στο νησί και ξεκινώντας, με τη βοήθεια ενός Σαμιώτη, εξάσκηση στη σκοποβολή.
Η Οθωμανική κυβέρνηση είχε ενημερωθεί για τη στάση των κατοίκων της Σαμοθράκης, αλλά δεν την πήρε πολύ στα σοβαρά, έχοντας σπουδαιότερα προβλήματα να ασχοληθεί. Μέχρι το τέλος Αυγούστου η καθημερινότητα στο νησί κυλούσε ομαλά.
Ωστόσο, την 1η Σεπτεμβρίου 1821, ο Σουλτάνος έδωσε εντολή στον υποναύαρχο καπετάν Μπέη Καρά Αλή να καταστείλει την εξέγερση στο νησί. Έτσι, την «πρωτοσταυρινιά», όπως συνήθιζαν να λένε την 1η Σεπτεμβρίου οι ντόπιοι, αποβιβάστηκαν στο νησί πάνω από χίλιοι άνδρες του τουρκικού στόλου, αποφασισμένοι να εκτελέσουν την αποστολή τους.
Τα γεγονότα που ακολούθησαν ήταν καταστροφικά, όπως μας μεταφέρει η «Μηχανή του Χρόνου».
Ολόκληρα χωριά λεηλατήθηκαν και παραδόθηκαν στις φλόγες, χιλιάδες άνδρες που αντιστέκονταν, αποκεφαλίστηκαν. Σύμφωνα με μαρτυρίες, μάλιστα, οι Οθωμανοί στρατιώτες άφηναν τα κεφάλια των Σαμοθρακιτών να κατρακυλούν στο αυλάκι που σήμερα ονομάζεται «Εφκάς» (Επτακοσίας) από τον αριθμό των σφαγιασθέντων.
Τα μωρά κάτω των 2 ετών εκτελέστηκαν μαζί με τις γυναίκες που ήταν μεγαλύτερες από 40 ετών. Σύμφωνα με μαρτυρίες, από τη μαζική σφαγή επέζησαν περίπου 25 με 30 οικογένειες, οι οποίες επιβίωσαν τα επόμενα χρόνια σε άθλιες συνθήκες.
Συνολικά, τα θύματα των άγριων σφαγών έφτασαν τα 2.000, ενώ περίπου 500 Σαμοθρακίτες κατάφεραν και ξέφυγαν στη θάλασσα. Στα σκλαβοπάζαρα βρέθηκαν πάνω από 1.500 γυναικόπαιδα του νησιού, αλλά και νέοι άντρες που δεν αποκεφαλίστηκαν.
Το Ολοκαύτωμα της Σαμοθράκης διήρκησε περίπου οκτώ εβδομάδες.
Μετά τη σφαγή, έμειναν στο νησί περίπου 200 Έλληνες. Μια δεκαετία αργότερα, ο σουλτάνος Μαχμούτ Β’ με διάταγμά του, κήρυττε την απελευθέρωση όλων των Ελλήνων που είχαν αιχμαλωτιστεί κατά τη διάρκεια της Επανάστασης. Τότε επέστρεψαν στο νησί και αρκετοί κάτοικοί του.
Στη μνήμη των χιλιάδων νεκρών, η 1η Σεπτεμβρίου τιμάται στη Σαμοθράκη ως ημέρα πένθους.