Στις 26 Απριλίου 1825, με αποβατική επιχείρηση, ο Ιμπραήμ κατέλαβε τη βραχονησίδα Σφακτηρία στην είσοδο του όρμου του Ναυαρίνου και προξένησε βαρύτατες απώλειες στους Έλληνες υπερασπιστές της. Ήταν ένα σημαντικό επεισόδιο στη μακρά πορεία της Επανάστασης του ’21, που συνετέλεσε στην αφύπνιση των επαναστατημένων Ελλήνων, καθώς εκείνη την περίοδο ήταν απασχολημένοι με τις εμφύλιες διαμάχες τους.
Μετά τη νίκη του στο Κρεμμύδι (7 Απριλίου 1825), ο Ιμπραήμ Πασάς στράφηκε κατά της Σφακτηρίας, της απόκρημνης βραχονησίδας που εκτείνεται μπροστά από τον όρμο του Ναυαρίνου, σε απόσταση 150 μέτρων από την Πύλο. Στόχος του Αιγύπτιου στρατηλάτη ήταν η κατάληψή της, που θα διευκόλυνε τις επιχειρήσεις του κατά του Παλαιοκάστρου και του Νεόκαστρου, των δύο οχυρών φρουρίων της Πύλου.
Οι Έλληνες είχαν προνοήσει να οχυρώσουν τη Σφακτηρία με 1.000 άνδρες και οκτώ κανόνια, ενώ το νησί προστάτευαν τρία σπετσιώτικα πλοία και ο «Άρης» του Υδραίου Αναστασίου Τσαμαδού. Την οργάνωση της άμυνας είχε αναλάβει αυτοπροσώπως ο Υπουργός Πολέμου Αναγνωσταράς (Χρήστος Παπαγεωργίου το πραγματικό του όνομα). Στο νησί βρίσκονταν ακόμη ο απεσταλμένος του Εκτελεστικού (κυβέρνησης) Αλέξανδρος Μαυροκορδάτος και οι φιλέλληνες Σανταρόζα και Γκρασέ.
Η επίθεση των Αιγυπτίων άρχισε το μεσημέρι της 26ης Απριλίου, αρχικά με σφοδρό κανονιοβολισμό της Σφακτηρίας και στη συνέχεια με αποβατική επιχείρηση κατά κύματα τριών χιλιάδων πεζοναυτών, των οποίων ηγούντο Γάλλοι αξιωματικοί. Οι υπερασπιστές της Σφακτηρίας ανταπέδωσαν τα πυρά, αλλά δεν μπόρεσαν να αντέξουν στην υπέρτερη εχθρική δύναμη. Η μάχη ήταν άνιση και γρήγορα ο Ιμπραήμ πέτυχε τον σκοπό του κι έγινε κύριος της Σφακτηρίας.
Οι υπερασπιστές της Σφακτηρίας είχαν μεγάλες απώλειες: 350 νεκρούς, ανάμεσά τους ο Αναγνωσταράς, ο Αναστάσιος Τσαμαδός και ο ιταλός φιλέλληνας κόμης Σανταρόζα, και 200 αιχμαλώτους. Οι υπόλοιποι κατόρθωσαν να διασωθούν κολυμπώντας στην απέναντι ακτή. Ο Μαυροκορδάτος σώθηκε την τελευταία στιγμή με το πλοίο «Άρης», που αν και «λαβωμένο», κατόρθωσε να διαφύγει από τα εχθρικά πολεμικά και να ανοιχθεί στο πέλαγος.
Όταν η είδηση της πτώσης της Σφακτηρίας έφθασε στην έδρα της επαναστατικής κυβέρνησης στο Ναύπλιο, όλοι έμειναν κεραυνόπληκτοι. «Κανενός πρόσωπον δεν έβλεπες να γελά, όλοι σκυθρωποί και οι πέτρες και αυτές ελυπούντο. Χίλιες υποψίες απαρνούσαν εις καθενός τον νουν και το μέλλον όλοι το έβλεπον ως κινδυνώδες» γράφει στα απομνημονεύματά του ο αγωνιστής Νικόλαος Κασομούλης.
Οι συνέπειες της καταστροφής στη Σφακτηρία δεν άργησαν να φανούν. Στις 30 Απριλίου παραδόθηκε η φρουρά του Παλαιοκάστρου και στις 11 Μαΐου 1825 η φρουρά του Νεοκάστρου. Το λιμάνι της Πύλου έγινε ο κυριότερος σταθμός ανεφοδιασμού των Αιγυπτίων του Ιμπραήμ στην Πελοπόννησο. Το μέλλον της Ελληνικής Επανάστασης διαγραφόταν ζοφερό…