Ο Θωμάς Ξενάκης (30 Μαρτίου 1875 – 7 Ιουλίου 1942) ήταν Έλληνας αθλητής της γυμναστικής, ο οποίος αναδείχθηκε δύο φορές Ολυμπιονίκης στους Ολυμπιακούς Αγώνες του 1896 στην Αθήνα. Ήταν αθλητής του Εθνικού Γ.Σ.
Γεννήθηκε στην Ελλάδα και αγωνίστηκε στους πρώτους σύγχρονους Ολυμπιακούς Αγώνες το 1896. Στην αναρρίχηση επί κάλω κατέκτησε το ασημένιο μετάλλιο μαζί με τον συμπατριώτη του, Νικόλαο Ανδριακόπουλο. Επί συνόλου 5 διαγωνιζομένων, μόνο ο Ξενάκης με τον Ανδριακόπουλο κατάφεραν να ολοκληρώσουν την αναρρίχηση στο μήκους 14 μέτρων σκοινί. Ο Ανδριακόπουλος έκανε χρόνο 23,4 δεύτερα, ενώ ο Ξενάκης λιγότερο.
Ο Θωμάς Ξενάκης κατέκτησε και δεύτερο μετάλλιο στους ίδιους αγώνες, αυτή τη φορά στο ομαδικό των παράλληλων ζυγών, με την ελληνική ομάδα.
Απεβίωσε στο Όραντζ της Καλιφόρνια στις ΗΠΑ, το 1942.