Επί κοντά 130 χρόνια, ήταν «αυτόπτης μάρτυρας» της ιστορίας της Μυτιλήνης. Έζησε πολέμους, προσφυγιά, πολιτικές συγκρούσεις αλλά και καθημερινές χαρές και περηφάνιες.
Ο λόγος για τον ναό του Αγίου Θεράποντα, το σήμα κατατεθέν, σημείο αναφοράς της Μυτιλήνης και προπάντων τον μεγάλο κεντρικό του τρούλο και τους τέσσερις γωνιακούς τρουλίσκους. Οι οποίοι είναι σκεπασμένοι από πλάκες ψευδαργύρου (τσίγκου) και που αντικαθίστανται αυτές τις μέρες στο πλαίσιο του μεγάλου έργου συντήρησης του μνημείου από το υπουργείο Πολιτισμού, από πλάκες τιτανιούχου ψευδαργύρου. Με το ίδιο υλικό κατασκευάζονται και τα εξωτερικά αρχιτεκτονικά στοιχεία στον τρούλο και τους τρουλίσκους, τα οποία συναποτελούν τον χαρακτηριστικό ανάγλυφο διάκοσμο, όπου συνδυάζονται στοιχεία υστερογοτθικά, νεοκλασικά και μπαρόκ.
Ταυτόχρονα, συνεχίζονται οι εργασίες αποκατάστασης των λίθινων όψεων του κτηρίου. Κατασκευασμένες από ιγνιμβρίτη (κόκκινο πορώδες ηφαιστειογενές πέτρωμα) από το μικρασιατικό αϊβαλιώτικο λατομείο του Σαρμουσάκ χρειάζονται ιδιαίτερη φροντίδα με καθαιρέσεις από παρεμβάσεις που έγιναν κατά καιρούς. Ήδη, έχει ολοκληρωθεί η συντήρηση της βόρειας όψης και ξεκίνησαν εργασίες στην ανατολική. Στο σύνολό τους, πραγματοποιούνται σε μεγάλο ύψος και μερικές φορές κάτω από δύσκολες καιρικές συνθήκες.
Το συνολικό κόστος του έργου ξεπερνά τα δύο εκατομμύρια ευρώ. Με τα 800.000 από αυτά να αφορούν το έργο της συντήρησης των λίθινων όψεων και των περίτεχνων καλλιτεχνημάτων στα αετώματα στα πάνω μέρη των όψεων. Το έργο αυτό υλοποιείται από την Εφορεία Αρχαιοτήτων Λέσβου. Ενώ, άλλα περίπου 1,3 εκατομμύρια ευρώ , αφορούν τις εργασίες αντικατάστασης της κεραμοσκεπής και της ιδιαίτερης εργασίας στον τρούλο και τους τρουλίσκους. Αυτές οι εργασίες πραγματοποιούνται από εξειδικευμένα συνεργεία από τη Θεσσαλονίκη με την εποπτεία κεντρικών υπηρεσιών του Υπουργείου Πολιτισμού.
Οι εργασίες στον Άγιο Θεράποντα και ιδιαίτερα αυτές στον τρούλο και στους τρουλίσκους που έχουν τραβήξει την προσοχή των κατοίκων του νησιού και των επισκεπτών του, σύμφωνα με τους ειδικούς «θα συμβάλουν στην μακροχρόνια διατήρηση του. Ο Άγιος Θεράποντας όπως φτιάχτηκε και όπως ‘έζησε’ 130 τώρα χρόνια συντηρείται με στόχο να ζήσει πολλά περισσότερα ακόμα χρόνια. Ιδιαίτερα αυτό αφορά την αντικατάσταση του τσίγκου από τιτανιούχο ψευδάργυρο που θα πετύχει μακροχρόνια διατήρηση του μνημείου».
Σύμφωνα με τον π. Αθανάσιο Γιουσμά πρωτοπρεσβύτερο του ναού «γίνεται πραγματικότητα, ένα έργο όνειρο μιας ζωής. Από το 1989 όταν τοποθετήθηκα στο ναό, ξεκινήσαμε μια προσπάθεια να ζωθεί το μνημείο. Η προσπάθεια ολοκληρώνεται με τις εργασίες του Υπουργείου Πολιτισμού και ‘κλείνουν’ εξωτερικά το ναό και τον ασφαλίζουν για τις πολλές επόμενες δεκαετίες. Θα γλυτώσουμε αν μη τι άλλον από τα νερά που έμπαιναν στην εκκλησιά από τη στέγη όταν έβρεχε». Ας σημειωθεί εδώ ότι ο πρωτοπρεσβύτερος του ναού αναφέρεται και στη χρηματοδότηση της μελέτης συντήρησης που έγινε από τη Μονή Βατοπαιδίου του Αγίου Όρους.
Η ανέγερση του Ναού του Αγίου Θεράποντα ξεκίνησε στα τέλη του 19ου αιώνα στη θέση παλαιότερου παρεκκλησίου που εξυπηρετούσε τις ανάγκες ασθενών του «ξενοδοχείου», φιλανθρωπικού κτηρίου εν είδει πτωχοκομείου και νοσοκομείου, που λειτουργούσε εκεί από τη Μητρόπολη Μυτιλήνης.
Η λειτουργία αυτού του «ξενοδοχείου» προδρόμου των σημερινών φιλανθρωπικών καταστημάτων της Λέσβου χάνεται στο βάθος του χρόνου και η παλιότερη ιστορική μαρτυρία για αυτό χρονολογείται στο 1692. Οι περισσότεροι μελετητές θεωρούν ότι και το ναΐδριο θα υπήρχε τουλάχιστον από αυτή τη χρονική περίοδο. Το παρεκκλήσι χαρακτηρίζεται από τις πηγές της εποχής ως «ελεεινή οικοδομή», από ανασκαφές όμως που πραγματοποιήθηκαν σε παρακείμενα οικόπεδα φαίνεται ότι τόσο ο σημερινός ναός όσο και γύρω κτήρια χτίστηκαν πάνω σε ένα σημαντικό αρχαίο δημόσιο κτήριο που δεν αποκλείεται να είναι ο ναός του Ασκληπιού.
Την ανέγερση του νέου ναού αποδεικτικού της αναγέννησης της Ελληνορθόδοξης Κοινότητας της Μυτιλήνης σε συνθήκες Οθωμανικής Αυτοκρατορίας οραματίστηκε ο μητροπολίτης Μυτιλήνης Καλλίνικος, μετέπειτα Πατριάρχης Αλεξανδρείας. Με πρωτοβουλία του διενεργήθηκαν έρανοι για την οικοδόμηση του ναού.
Οι σχεδιαζόμενες διαστάσεις του ναού απαιτούσαν εκείνη την εποχή την ανάληψη εργασίας από μεγάλο αρχιτέκτονα. Επιλέχθηκε ο Λέσβιος Αργύρης Αδαλής, βοηθός των δύο μεγαλύτερων αρχιτεκτόνων της εποχής, του Δανού Θεόφιλου Χάνσεν και του Γερμανού Ερνέστου Τσίλλερ. Πολύτιμη αποδείχτηκε η εμπειρία του κατά την ανέγερση των κτιρίων της Ακαδημίας και του Ζαππείου στην Αθήνα. Εμπειρία που του επέτρεψε να εκπονήσει τόσο το σχέδιο του Αγίου Θεράποντα όσο και του γειτονικού ιστορικού Γυμνασίου Μυτιλήνης. Το αποτέλεσμα εντυπωσιάζει και σήμερα. Τα εμφανή γοτθικά στοιχεία συμβάλλουν στην επιβλητικότητα του και του δίνουν ένα ξεχωριστό στυλ μοναδικό στην Ελλάδα.
Ο νέος ναός, ημιτελής για μεγάλο διάστημα, άρχισε να λειτουργεί το 1900, ενώ εγκαινιάστηκε επίσημα το 1935.
Ο βασικός αρχιτεκτονικός του ρυθμός σύμφωνα με στοιχεία του υπουργείου πολιτισμού, είναι εγγεγραμμένος σταυροειδής με τρούλο. Εξωτερικά διακρίνεται για τα γοτθικά μορφολογικά χαρακτηριστικά, η παρουσία των οποίων οφείλεται στην επίδραση στον Αδαλή από τους δασκάλους του. Ο εξωτερικός διάκοσμος δημιουργήθηκε από το φημισμένο ζωγράφο και γλύπτη Νικόλαο Κεσανλή. Το ξυλόγλυπτο τέμπλο του ναού, έργο του 1915 δημιουργήθηκε από το Μυτιληνιό ξυλογλύπτη Δημήτριο Κόβαλα.
Είναι χτισμένος με λαξευτούς λίθους. Στην πρόσοψη υπάρχουν δύο επάλληλες σειρές μαρμάρινων κιόνων, ιωνικού και κορινθιακού ρυθμού. Ενώ, οι τρούλοι που επιστέφουν το οικοδόμημα δίνουν εικόνα μεγαλοπρέπειας επενδυμένοι από ψευδάργυρο.
Ο ναός φιλοξενεί τον τάφο του Λέσβιου Μητροπολίτη Ουγγροβλαχίας Ιγνάτιου, ενός από τους μεγάλους πρωταγωνιστές της Επανάστασης του 1821. Η μαρμάρινη σαρκοφάγος του βρίσκεται στο κεντρικό κλίτος του ναού.
Το σημαντικότερο κειμήλιο είναι η εικόνα του Αγίου Θεράποντος, χρονολογημένη στο έτος 1651 εικάζεται ότι προέρχεται από το παρεκκλήσι που εξυπηρετούσε τις ανάγκες του «ξενοδοχείου».