Με απόφαση του Ευρωπαϊκού Δικαστηρίου τελεσίδικο είναι το πρόστιμο ύψους 43,5 εκατ. ευρώ για τις επιχορηγήσεις των ετών 2016-2017 που οφείλει η Ελλάδα στην Κομισιόν.
Το Γενικό Δικαστήριο της ΕΕ απέρριψε την προσφυγή της Ελλάδας κατά της Ευρωπαϊκής Επιτροπής, με την οποία ζητούσε την ακύρωση εκτελεστικής απόφασης της 16ης Φεβρουαρίου 2022, που απέκλειε από την χρηματοδότηση της ΕΕ ορισμένες δαπάνες που πραγματοποιήθηκαν από τα κράτη μέλη στο πλαίσιο του Ευρωπαϊκού Γεωργικού Ταμείου Εγγυήσεων (ΕΓΤΕ) και του Ευρωπαϊκού Γεωργικού Ταμείου Αγροτικής Ανάπτυξης (ΕΓΤΑΑ).
Επέβαλε στην χώρα μας «κατ’ αποκοπήν δημοσιονομική διόρθωση 10%, ανερχόμενη σε ακαθάριστο ποσό 43.525.011,74 ευρώ και σε καθαρό ποσό, κατόπιν συνυπολογισμού των προηγούμενων διορθώσεων, 43.156.228,16 ευρώ, σε συνέχεια της έρευνας XC/2018/001/GR για την πολλαπλή συμμόρφωση, κατά τα έτη υποβολής αιτήσεων 2016 και 2017.»
Πρόεδρος του ΟΠΕΚΕΠΕ ήταν τότε ο Αθανάσιος Καπρέλης και υπεύθυνος για τους ελέγχους της πολλαπλής συμμόρφωσης ο προϊστάμενος του αντίστοιχου τμήματος, Χαράλαμπος Παναγόπουλος. Τον φάκελο της δικαστικής υπόθεσης χειρίστηκε το Νομικό Συμβούλιο του Κράτους και από πλευράς ΟΠΕΚΕΠΕ η αρμόδια προϊσταμένη από το 2020 και εντεύθεν, Εύη Πιπερίδου.
Τον Μάρτιο 2024, η Κομισιόν καταλόγιζε πρόστιμο στην χώρα μας 283 εκατ. ευρώ για κακή διαχείριση από πλευράς του ΟΠΕΚΕΠΕ πληρωμών βασικών αγροτικών ενισχύσεων για τις χρονικές περιόδους 2020, 2021 και 2022. Με αποτέλεσμα τον Απρίλιο του 2024, να θέσει τον οργανισμό διαχείρισης των κοινοτικών ενισχύσεων σε 12μηνη επιτήρηση για σοβαρές παρατυπίες, που αφορούν στην λειτουργία και στελέχωση του οργανισμού, την ποιότητα και νομιμότητα των πληρωμών, την τήρηση των Ευρωπαϊκών Κανονισμών και τον σαφή διαχωρισμό των λειτουργιών μεταξύ υπουργείου Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων και του Οργανισμού Πληρωμών.