Το φρούριο της Πύλου (Νιόκαστρο ή Νεόκαστρο) άρχισε να κτίζεται από τους Οθωμανούς το 1573, λίγο μετά την ήττα τους στη ναυμαχία της Ναυπάκτου (1571). Έκτοτε το Νιόκαστρο ακολούθησε την κοινή μοίρα των υπολοίπων φρουρίων της περιοχής εμπλεκόμενο στα ιστορικά γεγονότα που σημάδεψαν τον τόπο. Έμεινε στην κατοχή των Τούρκων μέχρι το 1686, οπότε και κατελήφθη από τους Ενετούς του Μοροζίνι. Οι Ενετοί έκαναν επισκευές και ενίσχυσαν τον εξωτερικό περίβολο με τη διάνοιξη αμυντικής τάφρου (1693). Το 1715 οι Τούρκοι ανακατέλαβαν το Νιόκαστρο μαζί με την Κορώνη και το Παλαιοναβαρίνο. Οι Ενετοί είχαν ανατινάξει το κάστρο πριν αποχωρήσουν, αλλά οι Τούρκοι το επισκεύασαν, και από τότε άρχισε να αναπτύσσεται μέσα στο φρούριο ένας πυκνοδομημένος οικισμός.
Την περίοδο 1789-1807 το Νεόκαστρο αποτελεί τιμάριο της Μπεγιάν Σουλτάνας, αδελφής του Σελήμ Γ’ . Το 1770, στα Ορλωφικά, οι αδελφοί Ορλώφ καταλαμβάνουν προσωρινά το Νιόκαστρο το οποίο με την απομάκρυνση του ρωσικού στόλου γνωρίζει την 6η Ιουλίου 1770 την εκδικητική μανία των Τουρκαλβανών που έστειλε η Πύλη.
Οι κάτοικοι του Νιόκαστρου εξεγέρθηκαν το 1821 με αρχηγούς τους Γεωργάκη και Νικόλαο Οικονομίδη και πολιόρκησαν το φρούριο την 25η Μαρτίου 1821. Το κάστρο παραδόθηκε στους Έλληνες στις 7 Αυγούστου 1821.
Το 1825 ο Ιμπραήμ πασάς αποβιβάζεται στη Μεθώνη και το Νιόκαστρο γίνεται θέατρο μιας από τις πιο σημαντικές επιχειρήσεις της εκστρατείας του. Αρχικά ο Ιμπραήμ κυριεύει τη νήσο Σφακτηρία και σφάζει τους 200 υπερασπιστές της. Πολιορκεί έπειτα στενά το Νιόκαστρο, κόβει το νερό του υδραγωγείου και το κανονιοβολεί για 3 ημέρες. Μεταξύ των επικεφαλής από Ελληνικής πλευράς είναι και o στρατηγός Μακρυγιάννης που αφηγείται τα γεγονότα στα Απομνημονεύματά του. Οι Έλληνες αναγκάζονται να παραδοθούν την 11 Μαίου 1825.
Στις 8 Οκτωβρίου 1827 ο ενωμένος συμμαχικός στόλος (Άγγλων, Γάλων και Ρώσων) καταστρέφει τον Τουρκοαιγυπτιακο στόλο στο Ναβαρίνο, αναγκάζοντας τον Ιμπραήμ να εγκαταλείψει την Πελοπόννησο. Το Νεόκαστρο παραδίδεται τελικά τον Οκτώβριο του 1828 στο γαλλικό εκστρατευτικό σώμα υπό τον στρατηγό Μαιζόν (Maison). Μετά από το 1828 το κάστρο εγκαταλείπεται ως χώρος κατοικίας καθώς ο πληθυσμός μεταφέρεται στην πόλη που σχεδίασαν οι Γάλλοι έξω από το κάστρο και που από το 1834 μετονομάζεται σε Πύλο.