Το κάστρο πήρε την ονομασία του από το ποτάμι (ρέμα) του Φονιά. Ο «Φονιάς» βρίσκεται στο βορειοανατολικό άκρο της Σαμοθράκης και στις εκβολές του στέκει ο ομώνυμος μεσαιωνικός πύργος. Έχει τετράγωνη κάτοψη και σωζόμενο ύψος περίπου 12 μ.
Πρόκειται για Γενοβέζικο Κάστρο που αναγέρθηκε προφανώς από τους Gattilusi. Οι οικογένεια των Gattilusi, αρχής γενομένης από τον Francesco Gattilusio που κέρδισε την εύνοια του Ιωάννη Ε’ Παλαιολόγου, έφτασε να ελέγχει την Λέσβο, την Ίμβρο, την Τένεδο, τη Θάσο και την Αίνο (απέναντι από την Αλεξανδρούπολη, στη σημερινή Τουρκία).
Αντίθετα με την οχύρωση των Gattilusi στην Παλιάπολη, ο πύργος του «Φονιά», ο οποίος προφανώς ανήκει στο ίδιο αμυντικό πρόγραμμα και πρέπει να κτίστηκε μετά το 1431, δεν εντάσσεται σε μία ευρύτερη οχύρωση.
Οι Τούρκοι πήραν τη Σαμοθράκη -και τον πύργο- από τους Γενοβέζους το 1456. Λογικά θα πρέπει να χρησιμοποιήθηκε και από τους Τούρκους για αρκετές δεκαετίες (τουλάχιστον).
Δομικά, Αρχιτεκτονικά, Οχυρωματικά Στοιχεία
Οι τοίχοι είναι κατασκευασμένοι από ημιλαξευμένες ποταμίσιες πέτρες και ασβεστοκονίαμα με οριζόντια τοποθετημένα κεραμίδια στους αρμούς. Όπως και στο νοτιοανατολικό πύργο της Παλιάπολης, ο πύργος εδώ αποτελούνταν από ένα τυφλό ισόγειο και τρεις ορόφους με ξύλινα πατώματα. Η είσοδος του πύργου βρίσκεται στη βορεινή του πλευρά (προς τη θάλασσα), στο ύψος του πρώτου ορόφου. Η σκάλα που προφανώς κατέληγε στο δώμα, εδώ διαμορφώνεται θολωτά μέσα στο πάχος του τοίχου. Από τις τοξωτές εσοχές στα εσωτερικά μέτωπα των τοίχων του πρώτου και δεύτερου ορόφου, έχουν πολεμίστρες στο κέντρο τους μόνο αυτές του δεύτερου.
Ο αρχαιολογικός χώρος εκτείνεται κατά μήκος της ανατολικής και δυτικής όχθης του ποταμού, μέχρι το ύψος της πρώτης βάθρας. Ο οικισμός που διασώζεται εδώ χρονολογείται από τα αρχαϊκά μέχρι τα βυζαντινά χρόνια.
Σήμερα είναι ορατά στην επιφάνεια άφθονα λείψανα κατασκευών, τα οποία διατηρούνται σε ύψος που φθάνει το 1 μ. Το κύριο φυσικό χαρακτηριστικό αυτού του οικισμού διαχρονικά είναι ο ποταμός, η διαχείριση του νερού του οποίου πρέπει να αποτελούσε μία από τις βασικές του λειτουργίες.
