Οι ένοπλοι Τσάμηδες πολέμησαν στο πλευρό των SS και της Βερμαχτ και συμμετείχαν σε πολλές εκκαθαρίσεις κατά των Ελλήνων κατοίκων στην περιοχές όπου έδρασαν.
Ομάδες τις Εθνικής Αντίστασης κυρίως του Ν.Ζέρβα (ΕΔΕΣ), αντιστάθηκαν στους ένοπλους Τσάμηδες που ασκούσαν βία σε όλα τα χωριά.
Η πρώτη αποφασιστική νίκη ήταν στην μάχη της Μενίνα (Νεράιδας) που διήρκησε δυο μερόνυχτα από τις 17 έως τις 18 Αυγούστου 1944
Οι Τσάμηδες μαζί με του Γερμανούς κατέφυγαν στον Αλβανία, ενώ ακολούθησαν τους ενόπλους και οι οικογένειες τους
Το 1945 το Ειδικό Δικαστήριο Δοσιλόγων Ιωαννίνων κατεδίκασε ερήμην 1,930 εγκληματίες Τσάμηδες, κάποιοι με την ποινή του θανάτου αν και ειχαν καταφύγει ασφαλεις στην Αλβανία.
Μετά τις τελευταίες δηλώσεις του Αλβανού Πρωθυπουργού Εντι Ραμα, ότι υπάρχουν Αλβανοί πολίτες που δηλώνουν απόγωνοι των Τσάμηδων, ειναι Ιστορική ευκαιρία από την Ελλάδα να ζητήσει τις πολεμικές επανορθώσεις για τα εγκλήματα που διεπραξαν κατά της Ανθρωπότητας, ενάντια στους κατοίκους των περιοχών που έδρασαν.