Μετά την απελευθέρωση των Ιωαννίνων (21 Φεβρουαρίου 1913) από τον τουρκικό ζυγό, ο Ελληνικός στρατός συνεχίζει ελευθερώνοντας μία μία και τις πόλεις της Βορείου Ηπείρου μέχρι έξω από τον Αυλώνα. Μερικές μάλιστα πόλεις της Βορείου Ηπείρου ανέκτησαν νωρίτερα την ελευθερία τους (π.χ. Χειμάρρα με τον Σπ. Σπυρομήλιο 5/10/1912 , Κορυτσά με τον Παν. Δαγκλή 7/12/1912).
Φωτογραφία: Το αρχηγείο των Ηπειρωτών στους Αγίους Σαράντα (σημερινή Σαράντα), τον Απρίλιο του 1914. Φωτογραφία από το L’Illustration
Στις 17 Δεκεμβρίου 1913 η Ιταλία και η Αυστροουγκαρία, δυστυχώς, εξυπηρετώντας δικά τους συμφέροντα, με το Πρωτόκολλο της Φλωρεντίας δημιουργούν για πρώτη φορά το Αλβανικό κράτος, περιέχοντας στα όριά του προς ενίσχυση της νεοϊδρυθείσης Αλβανίας και τη Βόρειο Ήπειρο. Από τότε το βόρειο τμήμα της Ηπείρου πέρασε στην ιστορία ως «Βόρειος Ήπειρος». Μάλιστα εκβιάζουν την Ελληνική κυβέρνηση να διαλέξει μεταξύ νησιών ανατολικού Αιγαίου και Βορείου Ηπείρου
Το γεγονός αυτό ανάγκασε τον Βορειοηπειρωτικό Ελληνισμό να ξεσηκωθεί προχωρώντας σε ένοπλη εξέγερση με αποκορύφωμα την ΑΥΤΟΝΟΜΙΑ της Βορείου Ηπείρου στις 17 Φεβρουαρίου 1914. Σχηματίσθηκε Κυβέρνηση με πρωθυπουργό τον Γεώργιο Χρηστάκη Ζωγράφο και μέλη τους ηρωικούς Μητροπολίτες Δρυϊνουπόλεως Βασίλειο, Βελλάς & Κονίτσης Σπυρίδωνα και Κορυτσάς Γερμανό. Υψώνεται η σημαία της Αυτονόμου Ηπείρου και ενταγμένος ο Βορειοηπειρωτικός Ελληνισμός σε εθελοντικά αυτονομιακά σώματα & «ιερούς λόχους» ελευθερώνει τη Βόρειο Ήπειρο υποχρεώνοντας τους Αλβανούς να υπογράψουν στις 17 Μαΐου 1914 ( δηλαδή σε 3 μήνες) το Πρωτόκολλο της Κερκύρας. Σύμφωνα με αυτό αναγνωρίζονταν αυτονομία και αυτοδιοίκητο της Βορείου Ηπείρου, ελευθερία σχολείων, γλώσσας, θρησκείας, επί πλέον δε το δικαίωμα να έχουν οι Βορειοηπειρώτες δικό τους Στρατό και δική τους Χωροφυλακή. Ονομάζεται η περιοχή «Ήπειρος» περιλαμβανομένων και της Χειμάρρας, Αργυροκάστρου, Αγ. Σαράντα, Κολώνιας, Λεσκοβικίου, Πρεμετής, Κορυτσάς κ.α. και οι κάτοικοι της ονομάζονται «Ηπειρώτες» και όχι «Αλβανοί».
Η έναρξη του Α’ Παγκοσμίου Πολέμου και η έκρυθμη κατάσταση στην Αλβανία αναγκάζει τους Ευρωπαίους να επιτρέψουν την είσοδο του Ελληνικού στρατού για την αποκατάσταση της τάξης στη Βόρειο Ήπειρο. Έτσι στις 14 Οκτωβρίου 1914 ο Ελληνικός Στρατός ελευθερώνει για 2η φορά τη Βόρειο Ήπειρο. Η αυτονομιακή κυβέρνηση παραδίδει ευχαρίστως την εξουσία της στον ελευθερωτή στρατό. Η ένωση της Βορείου Ηπείρου με την Ελλάδα ακολουθήθηκε από τη συμμετοχή 16 αντιπροσώπων της στη βουλή των Ελλήνων στις Ελληνικές εκλογές που πραγματοποιήθηκαν 1 χρόνο αργότερα.
Ο διχασμός όμως, και η έλλειψη ομοψυχίας στην Ελλάδα (Βενιζέλου – βασ. Κωνσταντίνου), που είχε ως συνέπεια και την Μικρασιατική καταστροφή (1922), έδωσαν την ευκαιρία στους Ευρωπαίους προστάτες των Αλβανών να αποσπάσουν και πάλι τη Βόρειο Ήπειρο από τον εθνικό κορμό.
Στη δεκαετία του 1920 ο αλβανικός εθνικισμός απέκοψε πραξικοπηματικά την Αλβανική Εκκλησία από το Πατριαρχείο Κωνσταντινουπόλεως. Προσπάθησε μάλιστα να επιβάλει ως λειτουργική γλώσσα παντού την Αλβανική. (Κύριος εκπρόσωπος ο Αλβανός ψευδεπίσκοπος από την Αμερική Φαν Νόλι).
Στη δεκαετία του 1930 ο βασιλιάς Ζιώγου επιτέθηκε εναντίον της Ελληνικής παιδείας. Οι Βορειοηπειρώτες προσφεύγουν στο δικαστήριο της Χάγης και δικαιώνονται (1935).
Στις 28 Οκτωβρίου 1940 στο πλευρό των Ιταλικών μεραρχιών εισέβαλαν και δύο Αλβανικές εναντίον της Ελλάδος. Ο γενναίος, όμως, Ελληνικός στρατός προήλασε και πάλι νικηφόρα στη Βόρειο Ήπειρο και έγινε δεκτός από τους Βορειοηπειρώτες ως ελευθερωτής. Για 3η φορά ελευθερώθηκε η Βόρειος Ήπειρος.
Η ελευθερία αυτή κράτησε μέχρι τον Απρίλιο του 1941, οπότε με την εισβολή των Γερμανών στην Ελλάδα, ο Ελληνικός στρατός εγκατέλειψε και τη Βόρειο Ήπειρο.
Μετά τη λήξη του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου και την ήττα του Άξονα, η Ελληνική Κυβέρνηση ζήτησε στη Διεθνή Διάσκεψη Ειρήνης των 21 Εθνών στο Παρίσι (30/08/1946) την ένωση της Βορείου Ηπείρου με την Ελλάδα. Το ζήτημα παραπέμφθηκε – ύστερα από αντιδράσεις του Σοβιετικού Υπουργού Εξωτερικών Μολότωφ και άλλων κομμουνιστικών κρατών – στο Συμβούλιο Υπουργών των Εξωτερικών των Μεγάλων Δυνάμεων (Γαλλία, ΗΠΑ, Μεγ.Βρετανία, Ρωσία) που έγινε στη Νέα Υόρκη (4 Νοεμβρίου έως 12 Δεκεμβρίου 1946),.
Το Συμβούλιο ανέβαλε τη λήψη αποφάσεων ως προς το Βορειοηπειρωτικό για μετά την υπογραφή της Συνθήκης Ειρήνης με την Αυστρία και τη Γερμανία. Η συνθήκη ειρήνης με την Αυστρία υπογράφηκε στις 15 Μαΐου 1955 στην Βιέννη. Με την Γερμανία στις 12 Σεπτεμβρίου 1990 στην Μόσχα. Το Βορειοηπειρωτικό ζήτημα εκκρεμεί και περιμένει τη λύση του.