Παρ’ όλη την ευημερία της, το Φεβρουάριο του 1822, η Νάουσα και η περιοχή της βρίσκονται στο επίκεντρο μιας μεγάλης εξέγερσης στα πλαίσια της Ελληνικής Επανάστασης, που ήδη είχε ξεσπάσει σ’ άλλες περιοχές της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας.
Μετά από μια ολόκληρη σειρά πολεμικών επιχειρήσεων των Ναουσαίων, με αρχηγούς τους Ζαφειράκη Θεοδοσίου και Τάσο Καρατάσιο, που είχαν στόχο τη δημιουργία ελεύθερου επαναστατικού καθεστώτος στην περιοχή, η πόλη η ίδια πολιορκείται από τα στρατεύματα του Διοικητή της Θεσσαλονίκης Εμπού Λουμπούτ και πέφτει τελικά μπροστά στις πολυπληθέστερες δυνάμεις του εχθρού στις 22 Απριλίου, την Κυριακή του Θωμά, του ίδιου έτους.
Λεηλασίες, σφαγές και εξανδραποδισμοί του πληθυσμού, αλλά και απερίγραπτες σκηνές αυτοθυσίας και ηρωισμού από πλευράς Ναουσαίων, ακολούθησαν την πτώση αυτή. Αρκετές γυναίκες προτιμούν να σκοτωθούν πέφτοντας με τα παιδιά τους στ΄ αφρισμένα νερά του καταρράκτη της Αράπιτσας στους «Στουμπάνους», παρά να πέσουν στα χέρια των Τούρκων. Η πόλη καταστράφηκε και τα προνόμιά της αναιρέθηκαν.
«Ηρωική πόλη της Ελλάδας»
Η επανάσταση της Νάουσας συντέλεσε στην απώλεια χρόνου και δυνάμεων για τους Τούρκους, προς όφελος του Αγώνα στη νότιο Ελλάδα.
Για την συνεισφορά της στον Αγώνα για την Ανεξαρτησία από τον Τουρκικό ζυγό η Νάουσα είναι η μόνη πόλη που φέρει τον τίτλο «Ηρωική», με Βασιλικό Διάταγμα από το 1955. (ΒΔ.17/8./1955 ΦΕΚ 240/Α/3-9-1955).
Τα γεγονότα πριν την πολιορκία
Στην περιοχή προετοιμαζόταν από το τέλος του έτους 1821 η επανάσταση και οι Τούρκοι αποφάσισαν να πάρουν αυστηρά προληπτικά μέτρα για να την αποτρέψουν. Τον Ιανουάριο του 1821, ο βαλής της Θεσσαλονίκης Εμπού Λουμπούτ φυλάκισε ως ομήρους μέλη από τις σημαντικότερες οικογένειες των πόλεων της Δυτικής Μακεδονίας. Άλλοι όμως, ανάμεσά τους οι οπλαρχηγοί Αναστάσιος Καρατάσος και Αγγελής Γάτσος καθώς και ο ισχυρότατος πρόκριτος της Νάουσας Ζαφειράκης Θεοδοσίου Λογοθέτης αρνήθηκαν, προβάλλοντας διάφορες προφάσεις, να προσέλθουν. Έχοντας εκτεθεί με αυτή τους την πράξη, αποφάσισαν να κηρύξουν την επανάσταση, μετά από συσκέψεις στη Μονή Παναγίας Δοβρά.
Κατά τον Γεώργιο Φιλιππίδη, η κήρυξη της επανάστασης έλαβε χώρα την 22η Φεβρουαρίου 1822, Κυριακή της Ορθοδοξίας, στον μητροπολιτικό ναό του Αγίου Δημητρίου με πανηγυρική δοξολογία και ορκωμοσία αγωνιστών. Κατά τον δάσκαλο του Γένους, Γρηγόριο Κωνσταντά, η επανάσταση ξέσπασε περί το τέλη Απριλίου.
Κατά νεότερη άποψη, η κήρυξη της επανάστασης στη Νάουσα έγινε περί τα μέσα Μαρτίου 1822.
Αμέσως μετά, 1.800 επαναστάτες προχώρησαν σε επίθεση εναντίον της Βέροιας. Η επιχείρηση όμως, παρά την αρχική επιτυχία της, εγκαταλείφθηκε, λόγω της έγκαιρης προσέλευσης πολυάριθμου τουρκικού στρατού υπό τον κεχαγιάμπεη του βαλή της Θεσσαλονίκης, Μεχμέτ Αγά, πιθανώς λόγω προδοσίας. Επίσης σημείωσαν μία πρόσκαιρη επιτυχία, στις 12 Μαρτίου, στη μονή της Παναγίας της Δοβράς, όπου 200 Έλληνες απέκρουσαν 4.000 Τούρκους του Μεχμέτ Αγά, με τη βοήθεια και των ανδρών του Γάτσου και του Ζαφειράκη, σκοτώνοντας 300 από αυτούς. Στη συνέχεια, οι Τούρκοι κατέλαβαν το μοναστήρι, ενώ οι Έλληνες αποτραβήχτηκαν στη Νάουσα.