Πανδιδακτήριο ονομαζόταν στην Κωνσταντινούπολη εκπαιδευτικό ίδρυμα (σχολή) ανώτατης εκπαίδευσης, θεωρούμενο με σημερινούς όρους Πανεπιστήμιο. Ιδρύθηκε από τον Αυτοκράτορα Θεοδόσιο Β’ το 425 και έκτοτε τελούσε υπό την αιγίδα των Αυτοκρατόρων.
Κατά τον 9ο αιώνα εγκαταστάθηκε στον περίβολο του παλατιού, στη Μαγναύρα, αναφερόμενο και ως Πανδιδακτήριο της Μαγναύρας. Η λειτουργία του σταμάτησε οριστικά με την Άλωση της Κωνσταντινούπολης το 1453.
Στην ίδρυση του Πανδιδακτηρίου, ρόλο έπαιξε η Πουλχερία, αδελφή του Θεοδοσίου και η Ευδοκία (Αθηναΐς), σύζυγός του, μαζί με τον έπαρχο του Πραιτωρίου, Κύρο Πανοπολίτη, Έλληνα ποιητή και φιλόσοφο.
Στις 27 Φεβρουαρίου του 425 εκδόθηκε διάταγμα από τον Θεοδόσιο Β΄ που ρύθμιζε όσα αφορούσαν την Σχολή.
Γινόταν διδασκαλία στα μαθήματα: γραμματική, ρητορική, φιλοσοφία, διαλεκτική, δίκαιο, αριθμητική, γεωμετρία, αστρονομία και μουσική. Λειτουργούσε ως ανεξάρτητο ίδρυμα. Στην εποχή του Ιουστινιανού η Νομική Σχολή απέκτησε πενταετή διάρκεια σπουδών και ανεξαρτητοποιήθηκε. Στη σχολή δεν διδασκόταν η θεολογία, η οποία διδασκόταν στην Πατριαρχική Σχολή.
Στο Πανδιδακτήριο οι σπουδαστές υπέβαλαν μελέτη με νομοθετικό ή ρητορικό περιεχόμενο πάνω σε προσχέδιο (δρακτόν ή δράγμα) που είχε εγκρίνει διδάσκαλος της σχολής.
Κατά τη βασιλεία του αυτοκράτορα Φωκά (602-610) το Πανδιδακτήριο διέκοψε τη λειτουργία του, αλλά αναβίωσε από τον Αυτοκράτορα Ηράκλειο (610-641), ο οποίος μετά το 610 είχε καλέσει στην Κωνσταντινούπολη τον Στέφανο τον Αλεξανδρέα.
Αναφέρεται ότι η λειτουργία της σχολής διαταράχθηκε σοβαρά την περίοδο της εικονομαχίας αλλά δεν έκλεισε, ενώ αλλού αναφέρεται ότι δε συνέχισε τη δραστηριότητά της για πολύ μετά τη βασιλεία του Ηρακλείου. Φαίνεται ότι στα πλαίσια της εικονομαχίας (730), έγιναν έκτροπα σε βάρος της εκπαίδευσης και των εκπαιδευτικών και αναφέρεται ότι τότε το Πανδιδακτήριο εγκαταλείφθηκε και ίσως πυρπολήθηκε και θανατώθηκαν καθηγητές αντίθετοι με την αποκαθήλωση των εικόνων. Οι πληροφορίες αυτές μπορεί να είναι μυθοπλασίες ακόμη και αν υπάρχει κάποια αλήθεια, έχοντας στόχο την αμαύρωση της μνήμης του Λέοντα Γ΄ (717-741) το οποίο θεωρούσαν υπεύθυνος για την έλλειψη εκπαίδευσης της αυτοκρατορίας.
Γνωστός διδάσκαλος της σχολής ήταν ο Χοιροβοσκός.
Οι Ίσαυροι (717-802) φαίνεται πως ονόμασαν τη σχολή «Οικουμενικόν Διδασκαλείον».
Κατά τον 9ο αιώνα, ο Βάρδας (842-867), θείος του αυτοκράτορα Μιχαήλ Γ’ και Καίσαρας μετά το 862, εγκατέστησε αυτό το Πανδιδακτήριο στο ανάκτορο της Μαγναύρας για να διδάσκεται η «έξω σοφία» ή «θύραθεν παιδεία», κάτω από τη διεύθυνση του Λέοντος του Μαθηματικού από τη Θεσσαλία (790 – 869). Ο Λέων ο μαθηματικός δίδαξε την τετρακτύ (αριθμητική, γεωμετρία, αστρονομία και μουσική). Η φοίτηση ήταν δωρεάν. Λόγω της θέσης του ήταν γνωστό και ως Πανδιδακτήριο της Μαγναύρας.
Αναφέρεται ότι στο Πανδιδακτήριο δίδασκαν τριάντα καθηγητές, δεκαπέντε στην ελληνική γλώσσα, γραμματική και φιλολογία, ενώ άλλοι δεκαπέντε δίδασκαν στη λατινική γλώσσα, ρωμαϊκή φιλολογία, φιλοσοφία και νομικά.
Το Πανδιδακτήριο βελτιώθηκε τον 10ο αιώνα με πρωτοβουλίες του Αυτοκράτορα Κωνσταντίνου του Πορφυρογέννητου ο οποίος ενίσχυσε ηθικά αλλά και υλικά διδάσκοντες και σπουδαστές.
Τον 11ο ο Κωνσταντίνος ο Μονομάχος μεταρρύθμισε το Πανδιδακτήριο και ίδρυσε δυο σχολές, το «Διδασκαλείον των Νόμων» και το «Γυμνάσιον» (φιλοσοφική). Στο Γυμνάσιον διδάσκονταν όλες οι επιστήμες, εκτός από τα νομικά που σπούδαζαν οι μελλοντικοί νομικοί, δικαστές και υπάλληλοι στο «Διδασκαλείο των Νόμων».
Στο Γυμνάσιο, στη φιλοσοφική σχολή, διευθυντής («Ύπατος των Φιλοσόφων») τέθηκε ο Μιχαήλ Ψελλός και μετέπειτα ο Ιωάννης ο Ιταλός. Στο Διδασκαλείο των Νόμων διευθυντής έγινε ο Ιωάννης Ξιφιλίνος, Νομοφύλαξ του κράτους.
Μετά τη Φραγκοκρατία και την ανακατάληψη της Κωνσταντινούπολης από τους Βυζαντινούς το 1261, ο Μιχαήλ Η’ Παλαιολόγος (1261-1282) ανέθεσε τη διεύθυνση της σχολής στο Γεώργιο Ακροπολίτη, μεγάλο Λογοθέτη, ως καθηγητή της αριστοτελικής φιλοσοφίας και στον Γεώργιο Παχυμέρη τη διδασκαλία της «τετρακτύος» (αριθμητική, γεωμετρία, αστρονομία και μουσική) στο «Οικουμενικόν Διδασκαλείον».