Ο Θεόκλητος Φαρμακίδης (1784 – 1860), κατά κόσμο Θεοχάρης Φαρμακίδης, ήταν Έλληνας διδάσκαλος του Γένους, κορυφαίος νεοέλληνας διαφωτιστής, αγωνιστής της Ελληνικής Επανάστασης, λόγιος κληρικός και πρωτοπόρος εφημεριδογράφος.
Γεννήθηκε στη Νίκαια Λάρισας (τότε Νεμπεγλέρ) στις 25 Ιανουαρίου 1784. Έλαβε τη βασική μόρφωση στο χωριό του και τη Λάρισα όπου και χειροτονήθηκε διάκονος το 1802 λαμβάνοντας το όνομα Θεόκλητος. Στη συνέχεια μετέβη στην Κωνσταντινούπολη όπου βρισκόταν κάποιος θείος του Μητροπολίτης και φοίτησε στη Μεγάλη του Γένους Σχολή (1804 – 1806).
Συνέχισε τις σπουδές του στη Σχολή των Κυδωνιών και στην Ακαδημία του Ιασίου (1806 – 1811). Αφού παρέμεινε για ελάχιστο χρονικό διάστημα στο Βουκουρέστι όπου χειροτονήθηκε πρεσβύτερος, διορίστηκε τον ίδιο χρόνο εφημέριος του Ιερού Ναού Αγίου Γεωργίου της ελληνικής παροικίας στη Βιέννη (1811 μέχρι το 1817) συμπληρώνοντας τη φιλολογική του μόρφωση μαθαίνοντας λατινικά, γαλλικά και γερμανικά όπου και μετέφρασε τη τετράτομη εγκυκλοπαίδεια του Γιακόμπς.
Μετά τον ιδρυτή Άνθιμο Γαζή από το 1816 έως το 1818 σε συνεργασία μαζί με τον Κωνσταντίνο Κοκκινάκη συνέχισαν την έκδοση του περιοδικού «Λόγιος Ερμής», το οποίο υπήρξε βασικό δημοσιογραφικό όργανο της παράταξης του Αδαμάντιου Κοραή. Το 1817 παραιτήθηκε από τη θέση του εφημέριου στη Βιέννη, λόγω των επιθέσεων που υφίσταται από μέλη της κοινότητας εξαιτίας των κειμένων που δημοσίευε στον «Λόγιο Ερμή». Συμμετείχε ως μέλος στη Φιλική Εταιρεία. Ο ευεργέτης του, φιλέλληνας λόρδος Γκίλφορντ, του εξασφάλισε τις δαπάνες των σπουδών του στο Πανεπιστήμιο του Γκέτινγκεν στη Γερμανία το 1819.
Με την κήρυξη της Ελληνικής Επανάστασης, τον Μάιο του 1821, μετέβη στην ηπειρωτική Ελλάδα, από εκεί στις Σπέτσες, στη συνέχεια στο στρατόπεδο των Βερβαίνων όπου τελικά και εντάχθηκε στο επιτελείο του πρίγκιπα Δημήτριου Υψηλάντη. Τον Αύγουστο του 1821 βρέθηκε στην Καλαμάτα όπου και εξέδωσε την πρώτη ελληνική εφημερίδα που κυκλοφόρησε σε ελλαδικό έδαφος, με τον τίτλο «Ελληνική Σάλπιγξ». Διέκοψε την έκδοσή της εξ αιτίας της διαφωνίας του με τη λογοκρισία που επεχείρησε να επιβάλλει ο Υψηλάντης.
Έλαβε μέρος στις δύο πρώτες Εθνοσυνελεύσεις, διορίστηκε μέλος του Αρείου Πάγου Ανατολικής Ελλάδος, Έφορος της Παιδείας και της Ηθικής Ανατροφής των Παίδων (5 Ιουλίου 1823) και δίδαξε δογματική το διάστημα 1823 – 1825 στην Ιόνιο Ακαδημία της Κέρκυρας. Το 1825 διορίστηκε από την κυβέρνηση αρχισυντάκτης της «Γενικής Εφημερίδος της Ελλάδος» της μετέπειτα «Εφημερίδος της Κυβερνήσεως». Παραιτήθηκε από αυτή τη θέση το 1827 μετά από συγκρούσεις με πολιτικούς.
Ως υποστηρικτής του «Αγγλικού κόμματος» του Αλέξανδρου Μαυροκορδάτου διαφώνησε με τον Ιωάννη Καποδίστρια, μιας και τον οποίο θεωρούσε όργανο της ρωσικής πολιτικής. Η κυβερνητική λογοκρισία ανακάλυψε επιστολή του με επικριτικό περιεχόμενο για το πρόσωπο του Καποδίστρια και για αυτό το λόγο δικάστηκε και φυλακίστηκε. Έπειτα πέρασε στην Ύδρα όπου ενώθηκε με την αντικαποδιστριακή παράταξη. Μετά τη δολοφονία του Καποδίστρια, το 1832, διορίστηκε έφορος του εν Αιγίνη Γενικού και Προκαταρκτικού Σχολείου.
Με την έλευση του ανήλικου Βασιλέα Όθωνα χρησιμοποιήθηκε από τον αντιβασιλέα Μάουρερ ως βασικός σύμβουλός του σε εκκλησιαστικά ζητήματα. Με ενέργειες του Φαρμακίδη στις 23 Ιουλίου/4 Αυγούστου 1833 εξεδόθη Βασιλικό Διάταγμα για την κήρυξη του αυτοκεφάλου της ελλαδικής εκκλησίας και την ανεξαρτησία της από το Πατριαρχείο Κωνσταντινουπόλεως. Βασικό επιχείρημα του ήταν ότι δεν μπορούσε το ελεύθερο ελληνικό κράτος να εξαρτά την εκκλησιαστική του διοίκηση από έναν Πατριάρχη δέσμιο του Τούρκου Σουλτάνου.
Οι συντηρητικοί εκκλησιαστικοί κύκλοι, που ανήκαν στο «ρωσικό κόμμα» (το οποίο υποστήριζε το ενιαίο εκκλησιαστικό κέντρο, επί τη βάσει των πανσλαβιστικών σχεδίων της Ρωσικής Αυτοκρατορίας) επιτέθηκαν εναντίον του ασκώντας του έντονη κριτική για πάνω από δύο δεκαετίες. Επικεφαλής αυτής της ομάδας υπήρξε ο κληρικός Κωνσταντίνος Οικονόμος ο εξ Οικονόμων, έμμισθος σύμβουλος των Ρώσων και κύρια όργανά του η εφημερίδα «Αιών» και το περιοδικό «Ευαγγελική Σάλπιγξ».
Υπήρξε στενός φίλος του έτερου μεγάλου διαφωτιστή Θεόφιλου Καΐρη και μετήλθε πολλών προσπαθειών προκειμένου να τον μετακινήσει από τις ύστερες θεοσοφιστικές πεποιθήσεις του. Κατείχε τη θέση πως η Αγία Γραφή έπρεπε να μεταγλωττιστεί στην απλή νεοελληνική ώστε να μπορεί να γίνει κατανοητή από το λαϊκό πλήθος, θέση που του κόστισε νέες κριτικές από τους ίδιους συντηρητικούς κύκλους.
Το 1833 διορίστηκε Γραμματέας της Ιεράς Συνόδου της Εκκλησίας του Βασιλείου της Ελλάδος (όπως ονομαζόταν τότε η Εκκλησία της Ελλάδος) και από το 1837 έως το 1839 του δόθηκε η θέση του τακτικού καθηγητή Θεολογίας στο Πανεπιστήμιο Αθηνών, στο οποίο όμως δεν δίδαξε ποτέ. Αργότερα, μεταξύ 1839 και 1843 διορίστηκε καθηγητής στη Φιλοσοφική Σχολή. Από το 1844 και έως το 1860 δίδαξε και πάλι στη Θεολογική Σχολή. Δίδαξε ελάχιστα στο πανεπιστήμιο, λόγω προβλήματος με τον φάρυγγά του.
Κατά τη διάρκεια του Κριμαϊκού πολέμου, φοβούμενος τη ρωσική επεκτατικότητα τον κίνδυνο του πανσλαβισμού, τις γεωπολιτικές βλέψεις και τα μακραίωνα συμφέροντα της Ρωσίας στα Βαλκάνια, υιοθέτησε ουδετερόφιλη στάση.
Υπήρξε πιστός υπερασπιστής των ιδεών του νεοελληνικού διαφωτισμού, που είχε ως βασικό εκφραστή τον Αδαμάντιο Κοραή και ιδιαίτερα ταπεινός στο φρόνημα, ώστε και όταν ακόμη του προσφέρθηκε ο «Μεγαλόσταυρος του Σωτήρος» ως αναγνώριση των υπηρεσιών του στο έθνος δεν αποδέχθηκε την τιμή.
Απεβίωσε σε πλήρη ένδεια στην Αθήνα στις 21 Απριλίου 1860.
Συγγραφικό έργο
Μεταξύ των έργων του περιλαμβάνονται τα εξής:
Περί Ζαχαρίου υιού Βαραχίου. Αθήναι 1838
Ο ψευδώνυμος Γερμανός. Αθήναι 1838
Απολογία. Αθήναι 1840
Η Καινή Διαθήκη μετά Υπομνημάτων αρχαίων. Αθήναι 1842 – 1845
Στοιχεία ελληνικής γλώσσης. Αθήναι 1815
Χρηστομάθεια ελληνική. Αθήναι
Ο Συνοδικός Τόμος ή περί αληθείας. Αθήναι 1852
Απολογία Θ. Φαρμακίδου. Αθήναι, 1840